Este é o aplicativo Linux chamado QUASR cuja versão mais recente pode ser baixada como QUASR_v6.08.tar. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado QUASR com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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QUASR
DESCRIÇÃO
QUASR é um pipeline leve escrito para processar e analisar dados de sequenciamento de última geração (NGS) das plataformas Illumina, 454 e Ion Torrent. Embora originalmente escrito para dados virais, é genérico o suficiente para funcionar em qualquer conjunto de dados NGS. As funções incluem:
remoção duplicada
demultiplexação
remoção de primer
gráficos de garantia de qualidade (QA)
controle de qualidade (QC)
geração de consenso
determinação de variante minoritária
gráficos de variantes minoritárias
A versão atual principal é 6.X, que é escrita em Python3. 7.X é minha reescrita em Java, mas ainda está em andamento. Ambos são escritos para serem o mais leves possível, para que possam ser executados com requisitos mínimos de memória em um desktop ou laptop, bem como em um cluster de computação.
Se você tiver qualquer problema com o QUASR, entre em contato comigo no endereço de e-mail fornecido no README.
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
Python
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/quasr/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
