Este é o aplicativo Linux chamado Swift Sequence Alignment Program para rodar no Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como swift-0.11.2.tgz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado Swift Sequence Alignment Program para ser executado no Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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Programa de alinhamento de sequência Swift para rodar em Linux online
DESCRIÇÃO
Swift é um programa de alinhamento de sequência de DNA que produz alinhamento em intervalos usando o algoritmo Smith-Waterman. Recebe um arquivo de consulta (formato FASTA) e um arquivo de referência (formato FASTA) como entrada. Ele produz o nome de referência, o nome lido, o alinhamento com lacunas, a pontuação do alinhamento, as posições inicial e final do alinhamento e o comprimento do alinhamento.Dei uma palestra sobre Swift na GPU Technology Conference 2012. A palestra pode ser acessada em http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.
Para instalar e executar o Swift, consulte a página Wiki: http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/
Se precisar de mais ajuda para instalar ou executar o Swift, entre em contato com Pankaj Gupta em [email protegido].
Funcionalidades
- Produz alinhamento com lacunas usando o algoritmo Smith-Waterman
- O algoritmo Smith-Waterman é executado na GPU (unidade de processamento gráfico)
- Aceita um arquivo de leitura (formato FASTA) e um arquivo de referência (formato FASTA) como entradas
- Nome de referência de saída, nome de leitura, alinhamento com lacunas, pontuação de alinhamento, posições inicial e final de alinhamento e comprimento de alinhamento
- Suporta leituras Illumina (comprimento fixo)
- Requisitos: Linux OS; 4 GB de memória do sistema; Placa gráfica com capacidade CUDA; Kit de ferramentas CUDA 4.2+; 6 GB de memória global; 49 KB de memória compartilhada
Público
Ciência / Pesquisa
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
