Este é o aplicativo Linux denominado TomoJ, cuja versão mais recente pode ser baixada como TomoJ_Applications-2.8.1-jar-with-dependencies.jar. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado TomoJ com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
Tomo J
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DESCRIÇÃO
TomoJ é um plug-in ImageJ para reconstrução tomográfica.
Ele foi projetado para tomografia eletrônica, porém qualquer aquisição com feixe paralelo deve funcionar.
TomoJ propõe o pré-processamento e o registro de tilt-series antes das reconstruções 3D (WBP, ART, SIRT, OS-SART, sensoriamento comprimido).
TomoJ é escrito em Java, os cálculos são multiencadeados e a reconstrução pode ser realizada em CPU ou GPU (OpenCL).
o registro é descrito em:
Journal of Structural Biology: X. 2020, Volume 4. "Melhorias no alinhamento de imagens sem marcadores para tomografia eletrônica" COS Sorzano et al. https://doi.org/10.1016/j.yjsbx.2020.100037.
BMC Bioinformatics. 2009 de abril de 27; 10: 124. "Registro de imagem livre de marcadores de séries de inclinação de tomografia eletrônica." COS Sorzano et al.
parte da reconstrução foi descrita em:
BMC Bioinformatics. 2007 de agosto de 6; 8: 288. "TomoJ: software de tomografia para reconstrução tridimensional em microscopia eletrônica de transmissão." Messaoudi C et al
Recursos
- tomografia
- ImageJ
- Alinhamento série de inclinação
- Reconstrução 3D
- WBP
- ARTE
- SENHOR
- sensor comprimido
Interface com o usuário
Java swing
Linguagem de Programação
Java, OpenCL
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/tomoj/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
