Este é o aplicativo Linux denominado VarScan, cuja versão mais recente pode ser baixada como VarScan.v2.3.9.jar. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado VarScan com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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VarScan
DESCRIÇÃO
Detecção de variantes em sequenciamento massivamente paralelo. Para uma amostra, chama SNPs, indels e genótipos de consenso. Para pares normais de tumor, classifica ainda mais cada variante como linha germinativa, somática ou LOH e também detecta alterações no número de cópias somáticas. A VERSÃO MAIS RECENTE ESTÁ DISPONÍVEL NO GITHUB
Funcionalidades
- Chama SNPs e Indels de arquivos de pileup de SAMtools
- Filtra variantes por cobertura, profundidade de leitura, frequência de variante e qualidade base
- Determina o status somático (somático, linha germinativa, LOH) para pares tumor-normais
- Compara, mescla e cruza duas listas de variantes
- Limita as chamadas de variantes a um conjunto de posições ou regiões de destino
- Grátis para uso não comercial.
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
Java
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/varscan/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.