ViralFusionSeq [VFS] para rodar no Linux download online para L

Este é o aplicativo Linux chamado ViralFusionSeq [VFS] para rodar em Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como vfs-2016-08-17.r2.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.

SCREENSHOTS

ViralFusionSeq [VFS] para rodar em Linux online

DESCRIÇÃO

O VFS foi totalmente testado no sistema Ubuntu / Debian.

** Anúncio 1 **: VFS é superior ao Virus-Clip. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download

Desde 2016, o VFS é a única ferramenta de integração viral disponível no sistema NIH HPC.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/

ViralFusionSeq (VFS) é uma ferramenta versátil de sequenciamento de alto rendimento (HTS) para descobrir eventos de integração viral e reconstruir transcrições de fusão em resolução de base única.

O VFS combina informações de recorte suave, análise de par de leitura e montagem de novo direcionada para descobrir e anotar eventos de fusão humano-viral.

Um modelo estatístico empírico simples, mas eficaz, é usado para avaliar a qualidade dos pontos de interrupção de fusão.

São necessários parâmetros mínimos definidos pelo usuário.

O código-fonte com o manual do usuário e o guia de instalação do VFS está disponível na seção "Arquivos" do sourceforge.

Citação: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

Funcionalidades

• Aplicável e totalmente testado usando dados de RNA-Seq e DNA-Seq
• Utilize as informações de sequência cortada (CS) e de extremidade emparelhada (RP) para descobrir a integração viral
• Reconstrução da sequência de transcrição de fusão usando informações de CS e RP

Público

Ciência / Pesquisa

Linguagem de Programação

Perl

Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.