Este é o aplicativo Linux chamado Virmid, cuja versão mais recente pode ser baixada como Virmid-1.2.0.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado Virmid com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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Virmid
DESCRIÇÃO
NOTÍCIAS:
11-07-2013 Uma nova versão Virmid 1.1.0 foi carregada.
08-29-2013 O artigo Virmid é agora publicado na Genome Biology.
Kim S et al, "Virmid: detecção precisa de mutações somáticas com inferência de impureza da amostra", Genome Biology 2013, 14:R90
http://genomebiology.com/2013/14/8/R90/abstract
Virmid (Virtual Microdissection for SNP Calling) é um chamador variante baseado em Java projetado para amostras combinadas de controle de doenças. Virmid também é especializado para identificar o potencial de contaminação individual onde a amostra da doença não pode ser suficientemente purificada. Enquanto a taxa de chamada de SNP está severamente comprometida com essa heterogeneidade, o Virmid pode descobrir SNPs com baixa frequência alélica considerando o nível de contaminação (alfa). As características importantes do Virmid são:
• Estimativa da proporção precisa da amostra de controle em uma amostra de doença (mista)
• Melhoria da chamada de SNP e mutação somática em relação à proporção estimada
Funcionalidades
- Achado de mutação somática
- Exemplo de inferência de impureza
Público
Ciência / Pesquisa
Linguagem de Programação
Java
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/virmid/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado on-line da maneira mais fácil a partir de um de nossos sistemas operacionais gratuitos.
