Este é o aplicativo do Windows chamado BBMap, cuja versão mais recente pode ser baixada como BBMap_39.33.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado BBMap com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie qualquer emulador on-line OS OnWorks a partir deste site, mas um emulador on-line melhor do Windows.
- 5. No sistema operacional OnWorks Windows que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo e instale-o.
- 7. Baixe o Wine de seus repositórios de software de distribuição Linux. Depois de instalado, você pode clicar duas vezes no aplicativo para executá-lo com o Wine. Você também pode experimentar o PlayOnLinux, uma interface sofisticada do Wine que o ajudará a instalar programas e jogos populares do Windows.
Wine é uma forma de executar software Windows no Linux, mas sem a necessidade de Windows. Wine é uma camada de compatibilidade do Windows de código aberto que pode executar programas do Windows diretamente em qualquer desktop Linux. Essencialmente, o Wine está tentando reimplementar o suficiente do Windows do zero para que possa executar todos os aplicativos do Windows sem realmente precisar do Windows.
SCREENSHOTS
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BBMapa
DESCRIÇÃO
Este pacote inclui BBMap, um alinhador de leitura curta, bem como várias outras ferramentas de bioinformática. Ele é escrito em Java puro, pode ser executado em qualquer plataforma e não tem dependências além do Java sendo instalado (compilado para Java 6 e superior). Todas as ferramentas são eficientes e multithread.
BBMap: Alinhador de leitura curta para dados de DNA e RNA-seq. Capaz de lidar com genomas arbitrariamente grandes com milhões de suportes. Lida com Illumina, PacBio, 454 e outras leituras; sensibilidade muito alta e tolerante a erros e numerosos indels grandes. Muito rápido.
BBNorm: ferramenta de normalização e correção de erros baseada em Kmer.
Dedupe: Simplifica assemblies removendo subseqüências duplicadas ou contidas que compartilham uma identidade de porcentagem de destino.
Reformatar: Reformata as leituras entre fasta / fastq / scarf / fasta + qual / sam, intercalado / emparelhado e ASCII-33/64, a mais de 500 MB / s.
BBDuk: filtra, apara ou mascara lê com correspondências kmer para um arquivo de artefato / contaminante.
...e mais!
Recursos
- Pure Java, roda em qualquer plataforma; já compilado, basta descompactar e executar.
- Rápido, eficiente e multithread.
- Informações de uso exibidas ao executar um shellscript sem parâmetros.
- Maior sensibilidade de qualquer alinhador de leitura curta.
- Fácil de instalar - basta descompactar / descompactar.
- Fácil de usar. Exemplo: bbmap.sh ref = ecoli.fa in = reads.fq out = mapped.sam
- Lida com todos os formatos comuns: fasta, fastq, sam, scarf, fasta + qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- Usado pelo Joint Genome Institute.
- BB significa Bestus Bioinformaticus.
- Há um FAQ útil aqui: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Console / Terminal
Linguagem de Programação
Java
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/bbmap/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
