Este é o aplicativo do Windows chamado fcGENE: conversor de formato de genótipo para ser executado no Windows online sobre Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como fcgene-1.0.7.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado fcGENE: conversor de formato Genotype para rodar no Windows online sobre Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie qualquer emulador on-line OS OnWorks a partir deste site, mas um emulador on-line melhor do Windows.
- 5. No sistema operacional OnWorks Windows que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo e instale-o.
- 7. Baixe o Wine de seus repositórios de software de distribuição Linux. Depois de instalado, você pode clicar duas vezes no aplicativo para executá-lo com o Wine. Você também pode experimentar o PlayOnLinux, uma interface sofisticada do Wine que o ajudará a instalar programas e jogos populares do Windows.
Wine é uma forma de executar software Windows no Linux, mas sem a necessidade de Windows. Wine é uma camada de compatibilidade do Windows de código aberto que pode executar programas do Windows diretamente em qualquer desktop Linux. Essencialmente, o Wine está tentando reimplementar o suficiente do Windows do zero para que possa executar todos os aplicativos do Windows sem realmente precisar do Windows.
SCREENSHOTS
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fcGENE: Conversor de formato de genótipo para rodar no Windows online sobre o Linux online
DESCRIÇÃO
A aplicação principal é dupla: primeiro para converter dados SNP do genótipo em formatos de diferentes ferramentas de imputação como PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE e BIMBBAM, segundo para transformar dados imputados em diferentes formatos de arquivo como PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT e SNPTEST.Formatos de arquivo legíveis: plink-pedigree (ped e map), plink-raw, plink-dosagem, mach, minimac, impute, snptest, beagle e bimbam. Da mesma forma, todos os tipos de imputação de resultados também são aceitos.
Formatos que podem ser gerados por fcGENE: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosagem, mach-inputs, minimac-insumos, impute-insumos, beagle-insumos e bimbam-insumos, HAPLOVIEW-insumos, EIGENSOFT-insumos.
Aplicação adicional:
- obter modelos de comandos de imputação necessários e comandos de outra ferramenta de imputação
- Controle de qualidade conforme MAF, HWE & CALLRATE.
palavras-chave: transformação de genótipo, converter formato de genótipo, saída de imputação, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT.
Recursos
- pode fazer o controle de qualidade SNP-wise e individual-wise e pode filtrar SNPs desqualificados e indivíduos durante a transoformação de dados
- pode realizar a conversão de formato bidirecional de dados SNP do genótipo (por exemplo, PLINK -> ferramenta de imputação e ferramentas de imputação -> PLINK). Ele pode ler e gravar arquivos binários e genealógicos formatados em plink
- pode filtrar SNPs imputados com base na pontuação de qualidade de imputação
- pode gerar modelos de comandos, ferramentas de análise GWA
- converte os dados de genótipo do formato de uma ferramenta de imputação para outra.
- Transformação de referências de imputação em formato plink. Isso ajuda a comparar os dados do genótipo com o painel de referência.
- pode criar dados snp no formato GenABEL a partir dos dados fornecidos originalmente em diferentes outros formatos
- pode gerar arquivos formatados de forma diferente contendo a dose esperada de frequência de alelo menor
- muito útil para pesquisadores que trabalham na área de genética estatística.
- escrito em c ++, uso de contêineres STL
- pode ler e gravar arquivos gezipped
- pode calcular FST com o comando --fst
- pode ler e gravar dados de genótipo padrão com contagens de alelos e doses de alelos
- pode criar arquivos no formato vcf usados para BEAGLE4
Linguagem de Programação
C + +
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/fcgene/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
