Este é o aplicativo do Windows chamado FUNseq cuja versão mais recente pode ser baixada como ProcessStack2D.exe. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado FUNseq com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie qualquer emulador on-line OS OnWorks a partir deste site, mas um emulador on-line melhor do Windows.
- 5. No sistema operacional OnWorks Windows que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo e instale-o.
- 7. Baixe o Wine de seus repositórios de software de distribuição Linux. Depois de instalado, você pode clicar duas vezes no aplicativo para executá-lo com o Wine. Você também pode experimentar o PlayOnLinux, uma interface sofisticada do Wine que o ajudará a instalar programas e jogos populares do Windows.
Wine é uma forma de executar software Windows no Linux, mas sem a necessidade de Windows. Wine é uma camada de compatibilidade do Windows de código aberto que pode executar programas do Windows diretamente em qualquer desktop Linux. Essencialmente, o Wine está tentando reimplementar o suficiente do Windows do zero para que possa executar todos os aplicativos do Windows sem realmente precisar do Windows.
SCREENSHOTS
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FUNseq
DESCRIÇÃO
Esta página mostra o programa de segmentação/rastreamento de células para o pipeline FUNseq.
Identificar um subconjunto esparso de células cancerígenas de uma grande população heterogênea, com base em fenótipos agressivos (como migração invasiva, divisões multipolares ou desenvolvimento de linhagem assimétrica) é um desafio. Além disso, a identificação dessa aberração é crítica, pois as células que exibem essas características estão linearmente correlacionadas com mau prognóstico. Um microscópio de triagem de alto rendimento foi desenvolvido em nosso grupo para capturar essas células cancerígenas esparsas e anormais. Um programa para identificar essas células de interesse de forma precisa e rápida é essencial. Para isso, desenvolvemos o programa mTGMM, que rastreia células de imagens de alto rendimento e determina os fenótipos agressivos.
Recursos
- Pré-processamento de imagem: fornecemos métodos para ajustar a qualidade de imagens com perfil de intensidade de fluorescência heterogênea entre células
- Segmentação de núcleos paralelos: usamos bacias hidrográficas aglomerativas para segmentação celular
- Rastreamento usando modelos gaussianos: o perfil de intensidade de um núcleo é modelado como uma distribuição gaussiana 2D. O rastreamento de núcleos é feito encaminhando cada gaussiano do ponto de tempo t para (t + 1) usando inferência bayesiana, com conhecimento a priori de que a posição, forma e intensidade geral dos núcleos não podem mudar drasticamente entre dois pontos de tempo consecutivos.
- Extração de características: É a pós-análise em que geramos uma tabela de características com registros de migração celular, divisão e intensidade intracelular.
- Visualização de dados: Oferecemos opções para visualizar as máscaras celulares, trajetórias de migração, divisões celulares e detecções de morfologia.
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/funseq/. Ele foi hospedado em OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
