alien_hunter - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

alien_hunter - Motive de ordine variabilă interpolate pentru identificarea orizontală
ADN dobândit

REZUMAT

alien_hunter [Opţiuni]

DESCRIERE

Alien_hunter este o aplicație pentru predicția transferului genic orizontal presupus
(HGT) evenimente cu implementarea motivelor de ordine variabilă interpolată (IVOM). Un
Abordarea IVOM exploatează distorsiunile compoziționale folosind distribuții de motive de ordine variabilă și
surprinde mai fiabil compoziția locală a unei secvențe în comparație cu ordinul fix
metode. Opțional, predicțiile pot fi analizate într-un Markov ascuns de ordinul doi cu 2 stări
Model (HMM), într-un cadru de detectare a punctului de schimbare, pentru a optimiza localizarea
limitele regiunilor prezise. Predicțiile (format embl) pot fi automat
încărcat în vizualizatorul de genom Artemis disponibil gratuit la:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

INTRARE: secvență genomică brută PREDICȚIE: regiuni HGT bazate pe ordinea variabilelor interpolate
Argumente ale motivelor (IVOM):


secvență genomică brută


nume de fișier pentru datele de ieșire

Argumente opționale:

-a pentru a încărca fișierul de predicție în Artemis

-c optimizați limitele prezise cu un HMM de ordinul 2 cu detecția punctului de schimbare 2

Fișiere de ieșire:


predicții (fișier tab) în format embl

.opta
predicții optimizate (HMM) (fișier tab) în format embl

.complot
predicțiile în format Artemis User Plot pentru a fi încărcate manual folosind Graph -> Add
Graficul utilizatorului...

.opt.parcela
predicții optimizate (HMM) în formatul Artemis User Plot pentru a fi încărcate manual folosind
Grafic -> Adăugați diagramă utilizator...

.sco
scorurile peste toate ferestrele glisante - pentru verificarea distribuției scorurilor

Notă: Predicțiile care se suprapun cu operonul ARNr sunt menționate în calificativul notei

Utilizați alien_hunter online folosind serviciile onworks.net