Aceasta este comanda andi care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
andi - estimează distanța evolutivă
REZUMAT
andi [-jlv] [-b INT] [-p PLUTI] [-m MODEL] [-t INT] DOSARE...
DESCRIERE
andi estimează distanța evolutivă dintre genomi strâns înrudiți. Pentru aceasta andi
citește secvențele de intrare din RAPID fișiere și calculează distanța de ancorare pe perechi. The
ideea din spatele acestui lucru este explicată într-o lucrare a lui Haubold et al. (Vezi mai jos).
REZULTATE
Ieșirea este o matrice de distanță simetrică în PHYLIP format, fiecare intrare reprezentând
divergenta cu un numar real pozitiv. O distanță de zero înseamnă că două secvențe sunt
identice, în timp ce alte valori sunt estimări pentru rata de substituție a nucleotidelor (Jukes-
a corectat Cantor). Din motive tehnice, comparația ar putea eșua și nicio estimare nu poate fi
calculat. În astfel de cazuri nan este tipărită. Acest lucru înseamnă fie că secvențele de intrare au fost
prea scurt (<200bp) sau prea divers (K>0.5) pentru ca metoda noastră să funcționeze corect.
OPŢIUNI
-b, --bootstrap
Calculați matrice de distanțe multiple, cu n-1 bootstrapped din prima. Vezi
lucrare Klötzl & Haubold (2016, în revizuire) pentru o explicație detaliată.
-j, --a te alatura
Utilizați acest mod dacă fiecare dintre dvs RAPID fisiere reprezinta un singur ansamblu cu numeroase
contigs. andi va trata apoi toate secvențele conținute per fișier ca un singur
genomului. În acest mod trebuie furnizat cel puțin un nume de fișier prin linia de comandă
argumente. Pentru ieșire, numele fișierului este folosit pentru a identifica fiecare secvență.
-l, --memorie puțină
În modul cu mai multe fire, andi necesită memorie liniară cu numărul de fire. The
modul de memorie scăzută schimbă acest lucru la o cerere constantă independent de numărul utilizat
de fire. Din păcate, acest lucru are un cost de rulare semnificativ.
-m, --model
Sunt acceptate diferite modele de evoluție a nucleotidelor. În mod implicit, Jukes-Cantor
se folosește corecția.
-p
Semnificația unei perechi de ancora; implicit: 0.05.
-t
Numărul de fire care vor fi utilizate; implicit, sunt utilizate toate procesoarele disponibile.
Multithreading este disponibil numai dacă andi a fost compilat cu suport OpenMP.
-v, --verbos
Imprimă informații suplimentare. Aplicați de mai multe ori pentru un plus de verbozitate.
-h, --Ajutor
Tipărește rezumatul și o explicație a opțiunilor disponibile.
--versiune
Emite informații despre versiune și confirmări.
DREPTURI DE AUTOR
Copyright © 2014, 2015 Fabian Klötzl Licență GPLv3+: GNU GPL versiunea 3 sau mai recentă.
Acesta este software gratuit: sunteți liber să îl schimbați și să îl redistribuiți. NU ESTE GARANTIE,
în măsura permisă de lege. Textul complet al licenței este disponibil la
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
MULȚUMIRI
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. și Pfaffelhuber, P. (2015). andi: Rapid și precis
estimarea distanțelor evolutive dintre genomi strâns înrudiți
2) Algoritmi: Ohlebusch, E. (2013). Algoritmi bioinformatici. Analiza secvenței, genomului
Rearanjamente și reconstrucție filogenetică. pp 118f.
3) SA constructie: Mori, Y. (2005). Scurtă descriere a sufixului îmbunătățit în două etape
algoritm de sortare. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
Utilizați andi online folosind serviciile onworks.net
