Aceasta este arta de comandă care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
artă - browserul genomului Artemis și instrumentul de adnotare
REZUMAT
artă [Opțiuni] SEQUENCE_FILE [+FEATURE_FILE...]
OPŢIUNI
SEQUENCE_FILE Un fișier EMBL, GenBank, FASTA sau GFF3
FEATURE_FILE Un fișier Artemis TAB sau GFF
-options FILE Citiți un fișier text cu opțiuni din FILE
-debug Rulați folosind JVM-ul de depanare
-rapid | -fast64 Utilizați FastVM (hp Tru64 UNIX) cu 32/64 de biți
indicii
-Dblack_belt_mode=? Mențineți mesajele de avertizare la minimum [true,false]
-Doffset=XXX Deschide vizualizatorul la poziția de bază XXX [întreg >= 1]
-Duserplot=FILE[,FILE2] Deschide unul sau mai multe userplots
-Dloguserplot=FILE[,FILE2] Deschide unul sau mai multe userplots, ia jurnal(date)
-Dbam=FILE[,FILE2,...] Deschide unul sau mai multe fișiere BAM, VCF sau BCF
-DbamClone=n Deschideți toate BAM-urile în mai multe panouri (n > 1).
-Dbam[1,2,..]=FILE[,FILE2,..] Deschideți BAM-uri în panouri separate
-Dshow_snps Afișează mărcile SNP în BamView
-Dshow_snp_plot Deschide diagrama SNP în BamView
-Dshow_cov_plot Deschideți graficul de acoperire în BamView
-Dshow_forward_lines=? Ascunde/afișează liniile de cadru înainte [adevărat, fals]
-Dshow_reverse_lines=? Ascunde/afișează liniile de cadru invers [true,false]
-Dchado="h:p/d?u" Obțineți Artemis să deschidă această bază de date CHADO
-Dread_only Deschide baza de date CHADO doar pentru citire
EXEMPLE
% art AJ006275.embl
% art contigs.fa +annotation.gff +insule.tab
% artă -Dblack_belt_mode=true -Dbam=ecoli_hiseq.bam E_coli_K12.gbk
% art -Duserplot=repeatmap.plot,geecee.plot Plasmid.gff3
Utilizați arta online folosind serviciile onworks.net