Aceasta este comanda autogrid4 care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
autogrid - pregătirea proteinelor și ligandului pentru analiza AutoDock
REZUMAT
autogrid4 [Opțiuni] -p gridparameterfile
DESCRIERE
AutoGrid pregăteşte o reprezentare în grilă 3D a energiilor de interacţiune necovalentă care
diverse tipuri de atomi de ligand specificate de utilizator vor experimenta în jurul unei ținte specificate de utilizator
macromoleculă. În plus, rețeaua de energie fără potențial electrostatic și desolvatare
pot fi calculate și hărți. Hărțile grilă sunt stocate în fișiere text simplu cu
extensia „.map” și sunt solicitate de AutoDock 4 pentru a efectua andocări. De asemenea, AutoGrid
scoate un fișier „.xyz” care descrie întinderile spațiale ale casetei grilei și un AVS
câmpul „.fld” care descrie setul consistent de hărți ale grilei de afinitate atomică care
au fost calculate împreună pentru o anumită macromoleculă țintă. Notă: este necesar să
calculați hărți grilă pentru toate tipurile de atomi din ligand sau setul de liganzi care vor fi
andocat, precum și o hartă a rețelei de potențial electrostatic și o hartă a energiei fără desolvație.
De exemplu, dacă un ligand are un carbon alifatic și un oxigen care acceptă legătura de hidrogen
atom, ar fi necesar să se calculeze atât o hartă „C”, cât și o hartă „OA”. Vedea
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
parametrii pentru mai multe informații despre tipurile de atomi AutoDock 4.
Intrarea în AutoGrid este cel mai bine pregătită cu suita de programe AutoDockTools. Nu este
mod de a rula autodock4 fără grilă.
OPŢIUNI
-o Utilizați vechiul format PDBq (q în coloanele 55-61)
-u Informații de utilizare, de asemenea -h pe Debian.
-d Verbozitate crescută a mesajelor pentru a ajuta la depanare.
-l fișier jurnal
-p filename Specifică fișierul cu parametrii grilă
EXEMPLU
O serie de teste sunt puse la dispoziție cu sursele AutoGrid care pot fi utilizate după cum urmează:
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Tests
$ cd / tmp
$ ln -s $D/AD4_parameters.dat .
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg
Această comandă pregătește fișierele de hartă grilă pentru fiecare dintre tipurile de atom AutoDock specificate în
fișier cu parametri grid (în acest caz: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), AVS
fișier de câmp (hsg1_sm.maps.fld) și hsg1_sm.maps.xyz. Pentru a efectua calculul de armare,
AutoDock ar trebui să fie executat, deși necesită un fișier separat cu parametrii de andocare (cu
extensia .dpf). „DPF” se referă la fișierele de hartă grilă care sunt necesare pentru andocare
și permite setarea altor parametri importanți, cum ar fi metoda de căutare și cum
multe andocări de efectuat.
Utilizați autogrid4 online folosind serviciile onworks.net
