Aceasta este comanda bio-curcubeu care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
rainbow - pagină de manual pentru rainbow 2.0.4 --[e-mail protejat], [e-mail protejat]>
REZUMAT
curcubeu [Opțiuni]
DESCRIERE
curcubeu 2.0.4 -- <[e-mail protejat], [e-mail protejat]>
grup
Format fișier de intrare: fișier(e) asociat(e) fasta/fastq Format fișier de ieșire:
\t \t \t
-1 Introduceți fișierul fasta/fastq, acceptă mai multe „-1”
-2 Introduceți fișierul fasta/fastq, acceptă mai multe „-2” [null]
-l
Lungimea citirii, implicit: 0 variabilă
-m
Nepotriviri maxime [4]
-e
Pragul exact potrivit [2000]
-L Nivel scăzut de polimorfism
div
Format fișier de intrare: \t \t \t Ieșire
Tipul fisierului:
\t \t \t [\t ]
-i Fișier de intrare [stdin]
-o Fișier de ieșire [stdout]
-k
K_allele, variante minime pentru a crea un grup nou [2]
-K
K_allele, împărțiți indiferent de frecvență când numărul de variante depășește această valoare
[50]
-f
Frecvență, frecvență variantă minimă pentru a crea un grup nou [0.2]
îmbina
Format fișier de intrare:
\t \t \t [\t ]
-i Introduceți fișierul de ieșire rbasm [stdin]
-a ansamblu de ieșire
-o Fișier de ieșire pentru conturile îmbinate, o linie per cluster [stdout]
-N
Numărul maxim de clustere divizate de îmbinat [300]
-l
Suprapunere minimă la asamblarea a două citiri (validă numai când „-a” este deschis) [5]
-f
Fracțiune minimă de similitudine la asamblare (validă numai când „-a” este deschis)
[0.90]
-r
Număr minim de citiri de asamblat (valid numai când „-a” este deschis) [5]
-R
Numărul maxim de citiri de asamblat (valid numai când „-a” este deschis) [300]
Utilizare: curcubeu [Opțiuni]
grup
Format fișier de intrare: fișier(e) asociat(e) fasta/fastq Format fișier de ieșire:
\t \t \t
-1 Introduceți fișierul fasta/fastq, acceptă mai multe „-1”
-2 Introduceți fișierul fasta/fastq, acceptă mai multe „-2” [null]
-l
Lungimea citirii, implicit: 0 variabilă
-m
Nepotriviri maxime [4]
-e
Pragul exact potrivit [2000]
-L Nivel scăzut de polimorfism
div
Format fișier de intrare: \t \t \t Ieșire
Tipul fisierului:
\t \t \t [\t ]
-i Fișier de intrare [stdin]
-o Fișier de ieșire [stdout]
-k
K_allele, variante minime pentru a crea un grup nou [2]
-K
K_allele, împărțiți indiferent de frecvență când numărul de variante depășește această valoare
[50]
-f
Frecvență, frecvență variantă minimă pentru a crea un grup nou [0.2]
îmbina
Format fișier de intrare:
\t \t \t [\t ]
-i Introduceți fișierul de ieșire rbasm [stdin]
-a ansamblu de ieșire
-o Fișier de ieșire pentru conturile îmbinate, o linie per cluster [stdout]
-N
Numărul maxim de clustere divizate de îmbinat [300]
-l
Suprapunere minimă la asamblarea a două citiri (validă numai când „-a” este deschis) [5]
-f
Fracțiune minimă de similitudine la asamblare (validă numai când „-a” este deschis)
[0.90]
-r
Număr minim de citiri de asamblat (valid numai când „-a” este deschis) [5]
-R
Numărul maxim de citiri de asamblat (valid numai când „-a” este deschis) [300]
Utilizați bio-curcubeul online folosind serviciile onworks.net
