blast2 - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - Instrument de căutare de bază pentru alinierea locală

REZUMAT

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "Începe opri"] [-J "Începe opri"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a nume de fișier] [-d N] [-e X] [-g F] -i nume de fișier
-j nume de fișier [-m] [-o nume de fișier] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

explozie2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "Începe opri"]
[-J "Începe opri"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i nume de fișier]
[-j nume de fișier] [-k str] [-m N] [-n] [-o nume de fișier] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-u]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]

blastall [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L start Stop] [-M str] [-O nume de fișier] [-P N] [-Q N] [-R nume de fișier] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nume de fișier]
[-l str] [-m N] [-n] [-o nume de fișier] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L start Stop] [-M str] [-O nume de fișier] [-P N] [-Q N] [-R nume de fișier] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nume de fișier] [-l str]
[-m N] [-n] [-o nume de fișier] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L start Stop]
[-M str] [-O nume de fișier] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nume de fișier] [-m N] [-n] [-o nume de fișier] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastpgp [-] [-A N] [-B nume de fișier] [-C nume de fișier] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O nume de fișier] [-P N] [-Q nume de fișier] [-R nume de fișier] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i nume de fișier] [-j N] [-k nume de fișier] [-l str] [-m N] [-o nume de fișier] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u,-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

impala [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O nume de fișier] [-P nume de fișier]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i nume de fișier] [-j N] [-m N] [-o nume de fișier]
[-v N] [-y X] [-z N]

megablast [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L start Stop] [-M N]
[-N N] [-O nume de fișier] [-P N] [-Q nume de fișier] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i nume de fișier] [-l str] [-m N] [-n]
[-o nume de fișier] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L start Stop] [-N X] [-O nume de fișier] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d nume de fișier [-e X] [-i nume de fișier] [-l nume de fișier] [-m N]
[-o nume de fișier] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

vârf de semințe [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O nume de fișier]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i nume de fișier] [-k nume de fișier] [-o nume de fișier] [-p str]
[-q N] [-r N]

DESCRIERE

Această pagină de manual documentează pe scurt comenzile bl2seq, explozie, blastall, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, și vârf de semințe. Aceste comenzi sunt documentate
împreună pentru că au o mulțime de opțiuni comune.

bl2seq realizează o comparație între două secvențe folosind fie blastn, fie blastp
algoritm. Ambele secvențe trebuie să fie fie nucleotide, fie proteine.

explozie2 compară o secvență fie cu o bază de date locală, fie cu o a doua secvență; aceasta
încorporează cea mai mare parte a funcționalității ambelor bl2seq și blastall, dar folosește un semi-
noul motor intern experimental.

blastall și blastall_old găsiți cele mai bune potriviri într-o bază de date locală pentru o secvență.
blastall folosește un motor mai nou decât blastall_old implicit, dar acceptă utilizarea celor mai vechi
motor, de asemenea (când este invocat cu opțiunea -V F).

blastcl3 accesează cel mai nou motor de căutare NCBI BLAST (versiunea 2.0). Software-ul din spate
BLAST versiunea 2.0 a fost scrisă de la zero pentru a permite BLAST să facă față noilor provocări
prezentate de bazele de date cu secvențe în următorii ani. Actualizările acestui software vor
continua in anii urmatori.

blastpgp efectuează căutări blastp întrerupte și poate fi folosit pentru a efectua căutări iterative în
modul psi-blast și phi-blast.

impala caută într-o bază de date de matrice de scor, pregătită de copymat(1), producând BLAST-like
ieșire.

megablast folosește algoritmul lacom al lui Webb Miller și colab. pentru secvența de nucleotide
căutare de aliniere și concatenează multe interogări pentru a economisi timpul petrecut cu scanarea bazei de date.
Acest program este optimizat pentru alinierea secvențelor care diferă ușor ca urmare a
secvențiere sau alte „erori” similare. Este de până la 10 ori mai rapid decât mai frecvent
programe de similaritate secvențe și, prin urmare, pot fi utilizate pentru a compara rapid două seturi mari
de secvenţe unul împotriva celuilalt.

rpsblast (Reverse PSI-BLAST) caută o secvență de interogare într-o bază de date de profiluri.
Acesta este opusul PSI-BLAST care caută un profil într-o bază de date de secvențe,
de unde „reversul”. rpsblast folosește un algoritm asemănător BLAST, găsind un cuvânt sau un cuvânt dublu
hit-uri și apoi efectuând o extensie negapped pe aceste potriviri de candidat. În cazul în care o
se produce o aliniere negapped suficient de mare, se realizează o extensie cu gol
și sunt raportate acele aliniamente (gapped) cu valoare așteptată suficient de scăzută. Acest
procedura este în contrast cu IMPALA care efectuează un calcul Smith-Waterman între
interogare și fiecare profil, mai degrabă decât utilizarea unei abordări cu cuvinte lovite pentru a identifica potriviri cu aceasta
ar trebui extins.

vârf de semințe răspunde la două întrebări relativ simple:
1. Având în vedere o secvență și o bază de date de modele, care modele apar în secvență
si unde?
2. Dat un model și o bază de date de secvențe, care secvențe conțin modelul și
Unde?

Unele dintre aceste comenzi acceptă mai multe tipuri de comparație, guvernate de -p
steag ("program"):

blastp compară o secvență de interogare de aminoacizi cu o bază de date de secvențe de proteine.

blastn compară o secvență de interogare de nucleotide cu o bază de date de secvențe de nucleotide.

blastx compară produsele de traducere conceptuală în șase cadre ale unei interogări de nucleotide
secvență (ambele catenele) față de o bază de date de secvențe de proteine. Pentru bl2seq,
nucleotida ar trebui să fie prima secvență dată.

psitblastn compară o secvență de interogare de proteine ​​cu o bază de date de secvențe de nucleotide
tradus dinamic în toate cele șase cadre de lectură (ambele componente) folosind a
matrice specifică poziției create de PSI-BLAST.

tblastn compară o secvență de interogare de proteine ​​cu o bază de date de secvențe de nucleotide
tradus dinamic în toate cele șase cadre de lectură (ambele componente). Pentru bl2seq,
nucleotida ar trebui să fie a doua secvență dată.

tblastx compară traducerile în șase cadre ale unei secvențe de interogare de nucleotide cu
traduceri în șase cadre ale unei baze de date de secvențe de nucleotide.

OPŢIUNI

Un rezumat al opțiunilor este inclus mai jos.

- Imprimați mesajul de utilizare

-A (bl2seq)
Secvențe de intrare sub formă de aderare.versiune

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
Dimensiunea ferestrei de accesări multiple; în general, este implicit 0 (pentru extensiile cu o singură lovitură), dar
implicit la 40 când se utilizează șabloane necontigue.

-B N (explozie2)
Produceți rezultate din mers:
0 niciunul (implicit)
1 tabel de decalaje și valori de calitate
2 adăugați date secvențe
3 text ASN.1
4 ASN binar.1

-B N (blastall, blastall_old)
Numărul de interogări concatenate, în modul blastn sau tblastn

-B nume de fișier (blastpgp)
Introduceți fișierul de aliniere pentru repornirea PSI-BLAST

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Utilizați statistici bazate pe compoziție pentru blastp sau tblastn:
T, t, D sau d
Implicit (echivalent cu 1 pentru explozie2 și blastall_old și de a 2 pentru blastall
și blastcl3)
0, F sau f
Nu există statistici bazate pe compoziție
1 Statistici bazate pe compoziție ca în RODIE 29:2994-3005, 2001
2 Ajustarea scorului bazată pe compoziție ca în bioinformatica 21:902-911, 2005,
condiționat de proprietățile secvenței
3 Ajustarea scorului bazată pe compoziție ca în bioinformatica 21:902-911, 2005,
necondiţionat
Când activați statisticile în blastall, blastall_old sau blastcl3 (de exemplu, nu explozie2),
alăturarea u (insensibil la majuscule și minuscule) la modul permite utilizarea valorilor p unificate
combinând valorile p de aliniere și compoziție numai în runda 1.

-C nume de fișier (blastpgp)
Fișier de ieșire pentru punct de control PSI-BLAST

-C N (top de semințe)
Numai scor sau nu (implicit = 1)

-D N (bl2seq)
Format de iesire:
0 tradițional (implicit)
1 tabelar

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Traduceți secvențele din baza de date conform codului genetic N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (implicit este 1; se aplică numai pentru tblast*)

-D N (megablast)
Tip de ieșire:
0 puncte finale de aliniere și scor
1 puncte finale pentru toate segmentele negapped
2 ieșiri BLAST tradiționale (implicit)
3 format de linie delimitat de tabulatori
4 text incremental ASN.1
5 ASN binar incremental.1

-D N (top de semințe)
Scăderea costului pentru aliniere (implicit = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Extinderea unui decalaj costă N (-1 invocă comportamentul implicit)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
Extinderea unui decalaj costă N (-1 invocă comportamentul implicit: non-afin dacă este lacom, 2
in caz contrar)

-E N (blastpgp, impala, seedtop)
Extinderea unui decalaj costă N (implicit este 1)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) Opțiuni de filtrare pentru DUST sau SEG; implicit la
T pentru bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 și megablast și pentru F pentru
blastpgp, impala și rpsblast.

-F (top de semințe)
Secvența de filtrare cu SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Deschiderea unui decalaj costă N (-1 invocă comportamentul implicit)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
Deschiderea unui decalaj costă N (-1 invocă comportamentul implicit: non-afin dacă este lacom, 5 dacă
folosind programarea dinamică)

-G N (blastpgp, impala, seedtop)
Deschiderea unui decalaj costă N (implicit este 11)

-H (explozie2)
Produce ieșire HTML

-H N (blastpgp)
Sfârșitul regiunii necesare în interogare (-1 indică sfârșitul interogării)

-H (impala)
Ajutor pentru imprimare (diferit de mesajul de utilizare)

-H N (megablast)
Numărul maxim de HSP de salvat per secvență de bază de date (implicit este 0, nelimitat)

-I "Începe opri" (bl2seq, blast2)
Locația în prima secvență (interogare) (se aplică numai dacă fișierul este specificat cu -i conține
o singură secvență)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Afișați IG în defline

-J "Începe opri" (bl2seq, blast2)
Locația pe a doua secvență (subiect) (se aplică numai dacă fișierul este specificat cu -j
conține o singură secvență)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Credeți delimitarea interogării

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Numărul celor mai bune hit-uri dintr-o regiune de păstrat. Oprit implicit. Dacă este folosită o valoare de 100
este recomandat. Valori foarte mari ale -v or -b sunt de asemenea sugerate.

-K N (top de semințe)
Multiplicator intern al dimensiunii tamponului de accesare (wrt lungimea interogării; implicit = 2)

-L (explozie2)
Utilizați tabelul de căutare (clasic Mega BLAST) cu lățime de 12

-L start Stop (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) Locație în secvența de interogare (pentru rpsblast, valabil numai în modul blastp)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Utilizați matrice str (implicit = BLOSUM62)

-M N (megablast)
Lungimea totală maximă a interogărilor pentru o singură căutare (implicit = 5000000)

-N (explozie2)
Afișați numai accesările pentru ID-urile secvenței în rezultatul tabelar

-N X (blastpgp, rpsblast)
Numărul de biți pentru a declanșa intervalul (implicit = 22.0)

-N N (megablast)
Tipul unui șablon de cuvânt distinct:
0 codare (implicit)
1 optim
2 doua simultane

-O nume de fișier (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) Scrieți (ASN.1) alinieri de secvențe
la nume de fișier; valabil numai pentru blastpgp, impala, rpsblast și seedtop cu -J, și
valabil doar pentru megablast cu -D2.

-P X (explozie2)
Limită procentuală de identitate

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Setați la 1 pentru modul cu o singură lovitură sau la 0 pentru modul cu mai multe loviri (implicit). Nu se aplica
a blastn.

-P nume de fișier (impala)
Citiți profiluri matrice din baza de date nume de fișier

-P N (megablast)
Numărul maxim de poziții pentru o valoare hash (setat la 0 [implicit] pentru a ignora)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Traduceți interogarea conform codului genetic N în /usr/share/ncbi/data/gc.prt (implicit
este 1)

-Q nume de fișier (blastpgp)
Fișier de ieșire pentru PSI-BLAST Matrix în ASCII

-Q nume de fișier (megablast)
Ieșire de interogare mascata; cere -D 2

-R (explozie2)
Calculați aliniamentele Smith-Waterman optime la nivel local. (Această opțiune este disponibilă numai
pentru tblastn gapped.)

-R nume de fișier (blastall, blastall_old)
Citiți fișierul punct de control PSI-TBLASTN nume de fișier

-R (blastcl3)
Căutare RPS Blast

-R nume de fișier (blastpgp)
Fișier de intrare pentru repornirea PSI-BLAST

-R (megablast)
Raportați informațiile de jurnal la sfârșitul ieșirii

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) Interogați componente pentru a căuta în baza de date pentru blastn, blastx, tblastx:
1 de sus
2 fund
3 ambele (implicit)

-S N (blastpgp)
Începutul regiunii necesare în interogare (implicit = 1)

-S N (top de semințe)
Costul limită (implicit = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Produce ieșire HTML

-T N (explozie2)
Tipul unui șablon de cuvânt distinct:
0 codare (implicit)
1 optim
2 doua simultane

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Utilizați filtrarea cu litere mici pentru secvența de interogare

-V (bl2seq, blastall, megablast)
Forțați utilizarea motorului vechi

-V (explozie2)
Utilizați abordarea cu dimensiunea variabilă a cuvintelor pentru scanarea bazei de date

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Folosiți cuvinte de dimensiune N (lungimea celei mai bune potriviri perfecte;
zero invocă comportamentul implicit, cu excepția megablastului, care este implicit 28 și
blastpgp, care este implicit 3. Valorile implicite pentru celelalte comenzi variază cu
„program”: 11 pentru blastn, 28 pentru megablast și 3 pentru orice altceva.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) Valoarea de scădere X pentru alinierea cu gol (în
biți) (zero invocă comportamentul implicit, cu excepția megablastului, care este implicit la 20,
și rpsblast și seedtop, care implicit la 15. Valorile implicite pentru celălalt
comenzile variază în funcție de „program”: 30 pentru blastn, 20 pentru megablast, 0 pentru tblastx și
15 pentru orice altceva.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Lungimea efectivă a spațiului de căutare (utilizați zero pentru
dimensiunea reală)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) Valoarea X dropoff pentru [programare dinamică?] finală întreruptă
alinierea în biți (implicit este 100 pentru blastn și megablast, 0 pentru tblastx, 25 pentru
alții)

-a nume de fișier (bl2seq)
Scrieți textul ASN.1 de ieșire la nume de fișier

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Numărul de fire de execuție de utilizat (implicit este unul)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Numărul de secvențe de bază de date pentru care să se afișeze aliniamentele
(B) (implicit este 250)

-c (explozie2)
Masca litere mici

-c N (impala)
Constant în pseudocounts pentru versiunea multipass; 0 (implicit) folosește metoda entropiei;
în caz contrar, se recomandă o valoare apropiată de 30

-c N (impala)
Constanta în pseudocounts pentru versiunea multipass (implicit este 10)

-d N (bl2seq)
Utilizați dimensiunea DB teoretică a N (zero reprezintă dimensiunea reală)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) Bază de date de utilizat (implicit este nr pentru toate executabilele
cu excepția blast2, care necesită o a doua secvență FASTA dacă aceasta nu este setată)

-d nume de fișier (rpsblast)
Baza de date RPS BLAST

-e X Valoarea așteptării (E) (implicit = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Prag pentru extinderea accesărilor, implicit dacă este zero: 0 pentru blastn și megablast, 11 pentru
blastp, 12 pentru blastx și 13 pentru tblasn și tblastx.

-f N (blastpgp)
Prag pentru extinderea accesărilor (implicit 11)

-f (megablast)
Afișați ID-urile complete în ieșire (implicit: numai GI-uri sau accesări)

-f (top de semințe)
Forțați căutarea modelelor chiar dacă acestea sunt prea probabile

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
Nu efectuați alinierea cu goluri (N/A pentru tblastx)

-g (explozie2)
Folosiți algoritmul lacom pentru extensiile lipsite

-g F (megablast)
Faceți ca megablastele discontinue să genereze cuvinte pentru fiecare bază a bazei de date
(obligatoriu cu motorul BLAST actual)

-h N (explozie2)
Penalizare de deplasare a cadrelor pentru intervalul în afara cadrului (numai blastx, tblastn; implicit este
zero)

-h X (blastpgp, impala)
pragul e-valoare pentru includerea în modelul multipass (implicit = 0.002 pentru blastpgp,
0.005 pentru impala)

-i nume de fișier
Citiți (în primul rând, interogați) secvența sau setați din nume de fișier (implicit este stdin; nu este necesar pentru
blastpgp dacă reporniți de la scoremat)

-j nume de fișier (bl2seq, blast2)
Citiți a doua secvență (subiect) sau setați din nume de fișier

-j N (blastpgp)
Numărul maxim de treceri de utilizat în versiunea multipass (implicit = 1)

-k str (explozie2)
Model pentru PHI-BLAST

-k nume de fișier (blastpgp, seedtop)
Introduceți fișierul hit pentru PHI-BLAST (implicit = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
Restricționați căutarea în baza de date la lista de GI [String]

-l nume de fișier (rpsblast)
Înregistrați mesajele la nume de fișier mai degrabă decât eroarea standard.

-m (bl2seq)
Folosiți Mega Blast pentru căutare

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) opțiuni de vizualizare a alinierii:
0 perechi (implicit)
1 interogare ancorată care arată identitățile
2 interogări ancorate, fără identități
3 interogări plate ancorate, arată identitățile
4 interogări plate ancorate, fără identități
5 interogări ancorate, fără identități și capete contondente
6 interogări plate ancorate, fără identități și capete contondente
7 Ieșire XML Blast (nu este disponibilă pentru impala)
8 tabulare (nu sunt disponibile pentru impala)
9 tabelare cu linii de comentarii (nu sunt disponibile pentru impala)
10 text ASN.1 (nu este disponibil pentru impala sau rpsblast)
11 ASN.1 binar (nu este disponibil pentru impala sau rpsblast)

-n (explozie2)
Afișați GI-urile în ID-uri de secvență

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
Căutare MegaBlast

-n (megablast)
Utilizați extensia non-lacomă (programare dinamică) pentru scorurile de decalaj afine

-o nume de fișier
Scrieți raportul final de aliniere la nume de fișier mai degrabă decât stdout

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Utilizați „programul” (tip de comparație) str. DESCRIERE secțiunea acoperă acest lucru
opțiune mai detaliată.

-p str (blastpgp)
opțiune de program pentru PHI-BLAST (implicit = blastpgp)

-p X (megablast)
Limită procentuală de identitate (implicit = 0)

-p F (rpsblast)
Secvența de interogare este nucleotid, nu proteină

-p str (top de semințe)
numele programului:
patmatchp indică ce tipare apar într-o secvență
patternp indică ce secvențe conțin un model

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Penalizare pentru o nepotrivire a nucleotidelor (numai blastn) (implicit = -10
pentru seedtop, -3 pentru orice altceva)

-q N (blastpgp)
ASN.1 Introducerea punctajului de date a punctelor de control:
0 fără introducere scoremat (implicit)
1 repornire din fișierul punct de control ASCII scoremat
2 reporniți din fișierul punct de control scormat binar

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Recompensă pentru o potrivire de nucleotide (numai blastn) (implicit = 10 pentru
seedtop, -10 pentru orice altceva)

-s (explozie2)
No-op (se solicitau anterior generarea de cuvinte pentru fiecare bază a bazei de date)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Calculați aliniamentele Smith-Waterman optime la nivel local. Pentru blastall, blastall_old și
blastcl3, aceasta este disponibilă numai în modul tblastn întrerupt.

-s N (megablast)
Scor de accesare minim de raportat (0 pentru comportamentul prestabilit)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Lungimea unui șablon de cuvânt necontiguu (cel mai mare intron permis într-un tradus
secvența de nucleotide atunci când se leagă mai multe atribuiri distincte; implicit = 0;
valorile negative dezactivează legătura pentru blastall, blastall_old și blastcl3.)

-t N[u] (blastpgp)
Ajustarea scorului pe bază de compoziție. Primul caracter este interpretat astfel:
0, F sau f
fără statistici bazate pe compoziție
1 statistici bazate pe compoziție ca în RODIE 29:2994-3005, 2001
2, T sau t
ajustarea scorului bazată pe compoziție ca în bioinformatica 21:902-911, 2005,
condiționat de proprietățile secvenței din runda 1 (implicit)
3 ajustare a scorului bazată pe compoziție ca în bioinformatica 21:902-911, 2005,
necondiționat în runda 1

Când sunt utilizate statistici bazate pe compoziție, se adaugă u (insensibil la majuscule) la
argumentul solicită o valoare p unificată care combină valoarea p de aliniere și valoarea p compozițională
valoarea numai în runda 1.

-t N (megablast)
Lungimea unui șablon de cuvânt neconturat (cuvânt contiguu dacă este 0 [implicit])

-u (explozie2)
Efectuați numai alinierea negapped (întotdeauna TRUE pentru tblastx)

-u str (blastcl3)
Limitați căutarea în baza de date la rezultatele căutării Entrez2

-u N (blastpgp)
ASN.1 Scoremat de ieșire a datelor punctelor de control:
0 fără ieșire scoremat (implicit)
1 fișier ASCII punct de control scormat (necesită -J)
2 fișiere de ieșire binar punct de control scormat (necesită -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Numărul de descrieri pe un rând de afișat (V) (implicit =
500)

-w N (explozie2)
Dimensiunea ferestrei (distanța maximă permisă între o pereche de accesări inițiale; 0 apeluri
comportament implicit, -1 dezactivează accesările multiple)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
Penalizare de schimbare a cadrelor (algoritm OOF pentru blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X dropoff pentru extensii negapped în biți (0.0 invocă implicit
comportament: 20 pentru blastn, 10 pentru megablast și 7 pentru toate celelalte.)

-y N (megablast)
Valoarea X drop-off pentru extensia negapped (implicit este 10)

-z N (explozie2)
Cea mai mare lungime a intronului pentru legătura HSP cu decalaj neuniform (numai tblastn; implicit este 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) Lungimea efectivă a bazei de date (utilizați zero pentru dimensiunea reală)

Utilizați blast2 online folosind serviciile onworks.net