Aceasta este comanda bowtie-build care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
bowtie-build - construirea unui index de spațiu de culoare pentru papion
REZUMAT
papion-construire [Opțiuni]*
DESCRIERE
reference_in
listă de fișiere cu secvențe de referință separate prin virgulă
ebwt_outfile_base
scrieți date Ebwt în fișierele cu acest director/nume de bază
OPŢIUNI
-f fișierele de referință sunt Fasta (implicit)
-c secvențe de referință date pe linia cmd (as )
--indice mare
indicele generat de forță să fie „mare”, chiar dacă ref are mai puțin de 4 miliarde
nucleotide
-C/--culoare
construiți un index de spațiu de culoare
-a/--noauto
dezactivați automat -p/--bmax/--dcv memory-fitting
-p/--bătătorit
utilizați șiruri împachetate în interior; mai lent, folosește mai puțin mem
--bmax
dimensiunea maximă a găleții pentru generatorul de sufix-array blockwise
--bmaxdivn
dimensiunea maximă a găleții ca divizor al obiectivului de ref (implicit: 4)
--dcv
perioada de acoperire diferențială pentru bloc (implicit: 1024)
--nudc dezactivați acoperirea diferențelor (algoritmul devine pătratic)
-r/--noref
nu construiți porțiunea .3/.4.ebwt (referință ambalată).
-3/--justref
doar construiți porțiunea .3/.4.ebwt (referință ambalată).
-o/--offrate
SA este eșantionat la fiecare 2^offRate caractere BWT (implicit: 5)
-t/--ftabchars
# de caractere consumate în căutarea inițială (implicit: 10)
--ntoa converti Ns cu referire la As
--samanta
sămânță pentru generatorul de numere aleatorii
-q/--Liniște
ieșire verbosă (pentru depanare)
-h/--Ajutor
imprimați descrierea detaliată a instrumentului și a opțiunilor sale
--utilizare
tipăriți acest mesaj de utilizare
--versiune
imprimați informațiile despre versiunea și ieșiți
64 de biți Construit pe lgw01-11 Joi 26 noiembrie 11:11:03 UTC 2015 Compiler: gcc versiunea 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Opțiuni: -O3 -Wl,--hash-style=ambele -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-puternic -Wformat -Eroare=format-securitate -g -O2 -fstack-protector-puternic
-Wformat -Eroare=format-securitate -Wl,-Funcții-simbolice -Wl,-z,relro Sizeof {int, long,
lung lung, gol*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Utilizați bowtie-build online folosind serviciile onworks.net
