bowtie2-align-s - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

bowtie2-align-s - instrument backend ultrarapid și eficient din punct de vedere al memoriei pentru alinierea secvențelor
citește la secvențe de referință lungi

DESCRIERE

Bowtie 2 versiunea 2.2.6 de Ben Langmead ([e-mail protejat], www.cs.jhu.edu/~langmea)

UTILIZARE

bowtie2-align [opțiuni]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Indexați prefixul numelui fișierului (minus .X.bt2 final). NOTĂ: Indici Papioni 1 și Papioni 2
nu sunt compatibile.

Fișierele cu parteneri #1, asociate cu fișierele din .

Fișierele cu parteneri #2, asociate cu fișierele din .

Fișiere cu citiri neîmperecheate.

Fișier pentru ieșire SAM (implicit: stdout)

, , pot fi liste separate prin virgulă (fără spații albe) și pot fi specificate
multe ori. De exemplu, „-U fișier1.fq, fișier2.fq -U fişier3.fq'.

OPŢIUNI (implicit in paranteze)

Intrare:
-q fișierele de intrare de interogare sunt FASTQ .fq/.fastq (implicit)

--qseq Fișierele de intrare de interogare sunt în formatul qseq de la Illumina

-f fișierele de intrare de interogare sunt (multi-)FASTA .fa/.mfa

-r fișierele de intrare de interogare sunt brute, o secvență pe linie

-c , , sunt secvențe în sine, nu fișiere

-s/--ocolire
sari peste primul citește/perechi în intrare (nici unul)

-u/--pâna la
oprește-te după prima citiri/perechi (fără limită)

-5/--trim5
tunde baze de la 5'/capătul stâng al citirilor (0)

-3/--trim3
tunde baze de la 3'/capătul drept al citirilor (0)

--phred33
calitățile sunt Phred+33 (implicit)

--phred64
calitățile sunt Phred+64

--int-quals
calități codificate ca numere întregi delimitate de spațiu

presetări:
La fel ca:

Pentru --un capăt la altul:

--foarte rapid -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S, 0,2.50, XNUMX

--rapid -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 0,2.50, XNUMX

--sensibil -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (implicit)

--foarte sensibil -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.50, XNUMX

Pentru --local:

--foarte-rapid-local -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S, 1,2.00, XNUMX

--rapid-local -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 1,1.75, XNUMX

--sensibil-local -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (implicit)

--foarte-sensibil-local -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.50, XNUMX

Aliniere:
-N
max # nepotriviri în alinierea semințelor; poate fi 0 sau 1 (0)

-L
lungimea subșirurilor de semințe; trebuie să fie >3, <32 (22)

-i
intervalul dintre subșirurile de semințe w/r/t read len (S,1,1.15)

--n-tavan
func pentru max # non-A/C/G/T permise în aln (L,0,0.15)

--dpad
include caractere de referință suplimentare pe părțile laterale ale tabelului DP (15)

--gbar
interzice golurile din interior nuclee ale extremelor citite (4)

--ignora-quali
tratați toate valorile de calitate ca 30 pe scara Phred (dezactivat)

--nofw nu aliniați înainte (original) versiunea citită (dezactivată)

--norc nu aliniați versiunea de completare inversă a citirii (dezactivată)

--nu-1mm-în față
nu permiteți 1 aliniere nepotrivită înainte de a încerca să scanați pentru a semănat optim
aliniamente

--un capăt la altul
întreaga citire trebuie să se alinieze; fără tăiere (activată)

OR

--local
alinierea locală; capetele pot fi tăiate moi (dezactivate)

Punctajul:
--ma
bonus de meci (0 pentru --un capăt la altul, 2 pentru --local)

--mp
penalizare maximă pentru nepotrivire; calitate inferioară = penalizare mai mică (6)

--np
penalizare pentru non-A/C/G/T în citire/ref (1)

--rdg ,
Citiți gol deschis, extinde penalizări (5,3)

--rfg ,
decalajul de referință deschis, extinderea penalităților (5,3)

--scor-min scorul minim de aliniere acceptabil cu lungimea de citire/r/t
(G,20,8 pentru local, L,-0.6,-0.6 pentru end-to-end)

Raportarea:
(Implicit)
căutați mai multe aliniamente, raportați cel mai bine, cu MAPQ

OR

-k
raportează până la alns per citire; MAPQ nu are sens

OR

-a/--toate
raportează toate aliniamentele; foarte lent, MAPQ nu are sens

Efort:
-D
renunta la extinderea dupa eșuat se extinde la rând (15)

-R
pentru citirile cu semințe repetitive, încercați seturi de seminte (2)

Sfârșit pereche:

-I/--minins
lungime minimă a fragmentului (0)

-X/--maxins
lungime maximă a fragmentului (500)

--fr/--rf/--ff -1, -2 partenerii aliniază fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)

--nu-mixte
suprimați aliniamentele neîmperecheate pentru citirile pereche

--nu-discordant
suprimați aliniamentele discordante pentru citirile pereche

--fără-coada de rândunică
nu sunt concordante atunci când perechea se extind unul pe lângă celălalt

--nu-contine
nu este concordantă atunci când un aliniament mate conține altul

--fără-suprapunere
nu sunt concordante atunci când perechea se suprapun deloc

ieșire:
-t/--timp
imprimați timpul de ceas de perete luat de fazele de căutare

--Liniște
nu imprimați nimic în stderr, cu excepția erorilor grave

--met-file
trimiteți valorile la fișier la (dezactivat)

--met-stderr
trimite valori la stderr (dezactivat)

--întâlnit
raportați contoarele și valorile interne fiecare secunde (1)

--nu-unal
suprimați înregistrările SAM pentru citirile nealiniate

--fara-cap
suprimați liniile de antet, adică liniile care încep cu @

--nu-mp
suprimați liniile de antet @SQ

--rg-id
setați ID-ul grupului de citire, reflectat în linia @RG și RG:Z: câmpul opt

--rg
adăuga ("lab:value") la linia @RG din antetul SAM. Notă: @RG line este imprimată numai
cand --rg-id este setat.

--omite-sec-seq
pune „*” în câmpurile SEQ și QUAL pentru aliniamentele secundare.

Performanță:
-p/--fire numărul de fire de aliniere de lansat (1)

--reordonare
forțați ordinea de ieșire SAM să se potrivească cu ordinea citirilor de intrare

--mm utilizați I/O mapat în memorie pentru index; multe papion pot împărți

Alte:
--qc-filtru
filtrați citirile care sunt proaste conform filtrului QSEQ

--samanta
sămânță pentru generatorul de numere aleatorii (0)

--non-determinist rand de semințe. gen. în mod arbitrar în loc să folosească atribute de citire

--versiune
imprimați informațiile despre versiunea și ieșiți

-h/--Ajutor
tipăriți acest mesaj de utilizare

Utilizați bowtie2-align-s online folosind serviciile onworks.net