Aceasta este comanda bowtie2-build care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
bowtie2-build - înveliș pentru bowtie2-build-*
REZUMAT
papion2-construire [Opțiuni]*
DESCRIERE
Bowtie 2 versiunea 2.2.6 de Ben Langmead ([e-mail protejat], www.cs.jhu.edu/~langmea)
reference_in
listă de fișiere cu secvențe de referință separate prin virgulă
bt2_index_base
scrieți date bt2 în fișierele cu acest director/nume de bază
*** Indicii Bowtie 2 funcționează numai cu v2 (nu v1). La fel și pentru indecșii v1. ***
OPŢIUNI
-f fișierele de referință sunt Fasta (implicit)
-c secvențe de referință date pe linia cmd (as )
--indice mare
indicele generat de forță să fie „mare”, chiar dacă ref are mai puțin de 4 miliarde
nucleotide
-a/--noauto
dezactivați automat -p/--bmax/--dcv memory-fitting
-p/--bătătorit
utilizați șiruri împachetate în interior; mai lent, mai puțină memorie
--bmax
dimensiunea maximă a găleții pentru generatorul de sufix-array blockwise
--bmaxdivn
dimensiunea maximă a găleții ca divizor al obiectivului de ref (implicit: 4)
--dcv
perioada de acoperire diferențială pentru bloc (implicit: 1024)
--nudc dezactivați acoperirea diferențelor (algoritmul devine pătratic)
-r/--noref
nu construiți fișiere index .3/.4
-3/--justref
doar construiți fișiere index .3/.4
-o/--offrate
SA este prelevat la fiecare 2^ Caractere BWT (implicit: 5)
-t/--ftabchars
# de caractere consumate în căutarea inițială (implicit: 10)
--samanta
sămânță pentru generatorul de numere aleatorii
-q/--Liniște
ieșire verbosă (pentru depanare)
-h/--Ajutor
imprimați descrierea detaliată a instrumentului și a opțiunilor sale
--utilizare
tipăriți acest mesaj de utilizare
--versiune
imprimați informațiile despre versiunea și ieșiți
Utilizați bowtie2-build online folosind serviciile onworks.net
