bp_papplmaker.plp - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

papplmaker.PLS - Generator de module de instrumente de analiză

REZUMAT

# primiți ajutor
papplmaker.PLS -h

# genera modul pentru programul „seqret”
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# idem, dar specificați unde să găsiți „seqret”
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://localhost:8080/axa/servicii

# idem, dar specificați o metodă de acces care nu este implicită la „seqret”
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-a corba

# generați module pentru toate analizele disponibile
# (folosind locația implicită și metoda de acces implicită)
papplmaker.PLS

# nu generați, dar vedeți ce ar fi generat
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# genera modul pentru analiză „edit::seqret”
# dar numește-l „MySeqret”
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret

# ...și folosește-l
utilizați MySeqret;
tipăriți noul MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt')
->osformat ('embl')
-> așteaptă_pentru
->outseq;

# idem, dar puneți rezultatul în directorul „/tmp/my”
# (directoarele nu trebuie să existe)
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# genera module pentru toate analizele ale căror nume
# se potrivește cu expresia regulată (indiferență majuscule și minuscule)
papplmaker.PLS -r 'editează'

# idem, dar modul generat de nume cu propriile nume
# (permit papplmaker.PLS să înlocuiască părți din numele dvs.)
papplmaker.PLS -r „editare” -m „ANALIZA_MEA_$”

DESCRIERE

Modulul „Bio::Tools::Run::Analysis” oferă acces la analiza locală și la distanță
instrumente într-un mod unificat (definit în „Bio::AnalysisI”). Modulul folosește abordarea generală
permițând setarea datelor de intrare arbitrare și preluarea rezultatelor prin denumirea acestora. In orice caz,
uneori este mai convenabil să folosești un anumit modul, reprezentând un instrument de analiză,
care știe deja despre intrările disponibile și numele rezultatelor.

Generatorul „papplmaker.PLS” creează astfel de module dedicate.

„papplmaker.PLS” folosește aceeași metodă de acces ca și modulul general - ceea ce înseamnă că
in functie de parametrul "acces" se poate folosi SOAP, CORBA sau orice altul (suportat)
protocol sau poate accesa analiza locală (disponibilă pe aceeași mașină unde
„Papplmaker.PLS” este invocat).

„papplmaker.PLS” își face treaba fie pentru o analiză numită (specificată de opțiunea „-n”,
sau folosește modulul „Bio::Tools::Run::AnalysisFactory” pentru a găsi ce analize sunt
disponibile și își pot limita numărul prin potrivirea cu o expresie regulată dată de
opțiunea „-r”.

Modulul sau modulele generate sunt denumite implicit în mod similar cu numele
analizele corespunzătoare, dar acest lucru poate fi schimbat prin opțiunea „-m” care este de fapt a
șablon în care următoarele șiruri sunt recunoscute și înlocuite:

$ANALYSIS sau ${ANALYSIS}
Va fi înlocuit cu numele analizei.

$CATEGORY sau ${CATEGORY}
Va fi înlocuit cu numele categoriei căreia îi aparține analiza.

$SERVICE sau ${SERVICE}
Va fi înlocuit cu numele întreg al serviciului (care este de obicei o concatenare
a unei categorii și a unui nume de analiză și este folosit și ca nume implicit de modul, btw).

Care este diferența dintre „serviciu” și „analiza” și ce înseamnă „categorie”?
Uneori, acești termeni pot fi confuzi, deoarece pot însemna lucruri ușor diferite
în funcţie de metoda de acces folosită pentru a comunica cu aceştia. În general, o „analiza” este
un program (o aplicație, un instrument) care rulează undeva, dar uneori pe o mașină locală. Un
exemplu de analiză este „seqret” (din pachetul EMBOSS). Analizele pot fi grupate
în categorii după funcțiile lor sau după tipul de date cu care se ocupă (dar uneori acolo
nu sunt deloc categorii). Fiecare analiză poate fi accesată folosind un nivel superior de
abstractizare, un „serviciu”. Un serviciu este de obicei un wrapper dependent de protocol, cum ar fi un Web
Service sau un serviciu CORBA. De exemplu, există un serviciu „edit::seqret” care
reprezintă analiza „seqret” în categoria „editare”.

PARERE

Mailing liste
Feedback-ul utilizatorilor este o parte integrantă a evoluției acestui și a altor module Bioperl. Trimite
comentariile și sugestiile dvs. de preferință către lista de corespondență Bioperl. Participarea ta
este mult apreciat.

[e-mail protejat] - Discutie generala
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Despre listele de corespondență

Raportarea Bugs
Raportați erorile către sistemul de urmărire a erorilor Bioperl pentru a ne ajuta să ținem evidența erorilor și a acestora
rezoluţie. Rapoartele de erori pot fi trimise prin intermediul web:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

Utilizați bp_papplmaker.plp online folosind serviciile onworks.net