Aceasta este comanda bp_process_sgdp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
bp_process_sgd.pl - Masează fișierele plate cu adnotări SGD într-o versiune potrivită pentru
Browser Generic Genome
REZUMAT
% bp_process_sgd.pl chromosomal_features.tab > yeast.gff
DESCRIERE
Acest script masează fișierele plate de adnotare a secvenței SGD aflate la
ftp://genome-ftp.stanford.edu/pub/yeast/data_dump/feature/chromosomal_features.tab într-o
versiunea formatului GFF potrivită pentru afișare de către browserul genomului generic.
Pentru a utiliza acest script, obțineți fișierul SGD chromosomal_features.tab de pe site-ul FTP listat
mai sus și rulați următoarea comandă:
% bp_process_sgd.pl chromosomal_features.tab > yeast.gff
Fișierul yeast.gff poate fi apoi încărcat într-o bază de date Bio::DB::GFF folosind următoarele
comanda:
% bulk_load_gff.pl -d drojdie.gff
Utilizați bp_process_sgdp online folosind serviciile onworks.net
