Aceasta este comanda bp_run_protdist.plp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
run_neighbor - rulați programul „protdist” al Phylip prin Bioperl
REZUMAT
run_protdist [-i fișier de intrare] [-o nume fișier de ieșire]
DESCRIERE
Furnizați un fișier de aliniere pe care să rulați protdist. Fișierul trebuie denumit fie .aln, fie .phy.
Acest lucru este necesar pentru a putea determina dacă trebuie să convertim un aliniament clustalw în
phylip. Sunteți binevenit să extindeți scriptul pentru a funcționa pe alte formate MSA care bioperl
suporturi. Acesta este destinat să fie utilizat în conducte manuale foarte simple.
Fișierul de intrare ar trebui să fie denumit sub forma file.phy sau file.aln programul se așteaptă la a
fișier sub forma (\S+)\.(\S+).
Aceasta va rula aplicația „protdist” folosind formula „KIMURA” pentru a construi o proteină
matricea distanțelor. Cei cu phylip3.6 vor dori să facă unele modificări dacă vor să folosească
JTT. Sunt bucuros să ajut să adăugați acest lucru ca argument cmd-line dacă este solicitat.
Utilizați bp_run_protdist.plp online folosind serviciile onworks.net
