circos - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \___\___/|___/

rotund este bun

circos - generează grafice informative compuse circular

REZUMAT

# ghiciți locația fișierului de configurare
circuri

# utilizați fișierul de configurare specific
circos -conf circos.conf [-silent]

# diagnosticați modulele necesare
circos -module

# pagină de manual
circos -man

# depanare detaliată pentru componentele codului
# vedea http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]

# depanare completă
circos -debug_group _all

# dump de configurare a unui bloc (sau arbore de bloc) de
# orice parametri care se potrivesc cu REGEXP (opțional)
circos -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}

# parametrii de configurare anulați
circos -param imagine/radius=2000p -param ideogramă/show=nr

# pentru distracție - randomizează toate culorile din imagine, cu excepția
# COLOR1 și COLOR2
circos -randomcolor COLOR1,[COLOR2,...]

DESCRIERE

Circos este pentru vizualizarea datelor într-un aspect circular, ideal pentru explorarea relațiilor
între obiecte sau poziţii. Există și alte motive pentru care este un aspect circular
avantajos, nu in ultimul rand si faptul ca este atractiv.

Circos nu este o soluție. Este un instrument de rezolvare a problemelor de vizualizare. Pentru un dat
problemă, nu vi se garantează că este adecvat.

Aveți un control fin asupra modului în care este afișat fiecare element de date, ajutându-vă să vă potriviți
importanţă faţă de pertinenţă.

CONFIGURARE

Setările sunt menite să fie transmise folosind un fișier de configurare cu text simplu. Acest fișier poate fi
creat manual sau printr-un alt script, care permite Circos să fie complet automatizat.

Pentru documentația completă, vezi

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

Sintaxă
Configurația este text simplu și este compusă din blocuri ierarhice. Unele blocuri, cum ar fi
" sunt obligatorii, în timp ce altele ca " sunt optionale.

Pentru a începe, consultați tutorialul ghid rapid.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

Un fișier de configurare tipic ar putea arăta astfel

# dimensiunea și formatul imaginii

...


# poziția și dimensiunea ideogramelor

...


# poziția, tipul și formatul pistelor de date


...

...


# culori, fonturi și modele de umplere
< >

# parametrii sistemului
< >

modularitate
„< > directiva importă un fișier de configurare în altul. Acest
facilitate ajută la menținerea fișierelor de configurare modulare.

Definițiile parametrilor care nu se schimbă frecvent, cum ar fi definițiile de culoare și font,
sunt importate în mod convențional din fișierele găsite în etc / în distribuţie.

În tutoriale, veți descoperi că „ și " blocurile sunt importate în
fișierul principal de configurare. Pentru că aceste blocuri pot deveni destul de mari, principalele
fișierul de configurare este mai lizibil dacă sunt relegați în fișiere separate.

Supracomandarea cu *
Pentru a înlocui un parametru care a fost inclus dintr-un fișier, utilizați sufixul „*”. Sufixul
este necesar deoarece definițiile multiple ale unui parametru nu sunt permise, cu excepția cazurilor
unde un parametru este poate avea mai multe valori.


# fișier inclus definește „raza”
< >
# aceasta va suprascrie valoarea razei
raza* = 2500p


Sufixul „*” poate fi repetat pentru a specifica ce valoare are prioritate într-un bloc.

raza = 1500p
raza* = 2500p
rază** = 3000p # va fi folosită această instanță de rază

Supracomandarea cu Comandă Linie
Orice parametru de configurare dintr-un nume unic de bloc poate fi specificat pe linia de comandă
folosind

-param PATH/PARAM=valoare

De exemplu,


arata = nu
...


-param ideogramă/show=nu

și



implicit = 0.01r

...


-param ideogramă/spațiere/implicit=0.01r

Cand conf() este utilizat în fișierul de configurare pentru a prelua valoarea unui parametru (orice
parametrul, nu doar cele setate de -param), obțineți un sistem flexibil pentru schimbarea
configurație la linia de comandă.

specie = om
cariotip = date/cariotip/cariotip.conf(specie).txt

-param specie=sobolan

Mai mulți parametri pot fi redefiniți, fiecare cu propriul său flag „-param”.

-param show_ticks=nu -param imagine/raza=2000p

fuzionarea Blocuri
Mai multe instanțe ale următoarelor blocuri sunt îmbinate automat: " ,
" , " , " , " , " , " și " .

Scopul acestui lucru este de a vă permite să adăugați definiții canonice.

# acest fișier definește implicit , și
< >

# adăugați la blocul de culori

mycolor = 150,25,25

OPŢIUNI

Configuraţie
-fișier de configurare
Numele fișierului de configurare. Acest lucru este necesar.

Circos va încerca să ghicească locația acestui fișier, căutând „circos.conf” în
".", "..", și "../ ..".

producție Format
-png, -nopng
-svg, -nosvg
Comută ieșirea fișierelor PNG și SVG.

Imagine Elemente de
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
Ignorați afișarea căpușelor și a etichetelor acestora. Acestea sunt ambele definite de obicei în
bloc.

producție Căi
-outputdir DIR, -dir DIR
-outputfile FILE, -file FILE
Schimbați directorul de ieșire și numele fișierului. FIȘIERUL poate conține o cale.

Depanarea
- depanare
Activați ieșirea de depanare de bază. Raportează informații de la

imagine, io, strat, rezumat, temporizator

grupuri de depanare (vezi mai jos).

-debug_group {+-}GROUP1,[{+-}GROUP2,...]
Activați ieșirea de depanare pentru anumite grupuri. Pentru o listă de grupuri, vezi

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

Pentru a adăuga un grup la ieșire prefixul acesta cu +. Pentru a-l elimina, cu -.

# utilizați grupurile de depanare implicite, dar excludeți stratul și io
-debug -debug_group -layer,-io

# utilizați grupuri de depanare implicite și adăugați spațiere
-debug -debug_group +spațiere

# specificați în mod explicit grupurile
-debug_group png,io,timer

Pentru a enumera grupurile care sunt acceptate, utilizați steag fără argument

-grup_debug

-timp
Raportați informații despre sincronizare. La fel ca -debug_group +timer

-tăcut
Nu generați nicio raportare.

-paranoid, -noparanoid
Rulați în modul paranoic (implicit) sau nu. Valoarea implicită pentru această setare este definită de
'paranoic' în etc/housekeeping.conf.

-avertismente, -noavertismente
Afișează sau nu avertismente (implicit). Valoarea implicită pentru această setare este definită de
'avertismente' în etc/housekeeping.conf.

-fakeerror =articol -fakeerror CAT =articol -fakeerror ,ID =articol -fakeerror CAT,ID
Falsează o eroare afișând mesajul de eroare pentru categoria CAT și ID-ul numelui erorii. Dacă
unul sau niciunul nu sunt specificate, listează erorile disponibile.

Dacă nu vă place cu adevărat să vedeți mesaje de eroare, ar trebui să existe puține motive pentru dvs
vrei să folosești asta.

Folosire
-versiune
Arată versiunea.

-Ajutor
Afișați scurt rezumat de utilizare.

-om
Afișează pagina de manual.

Prostie În jurul
-randomcolor [culoare1,culoare2,...]
Randomizați culoarea fiecărui element din imagine, cu excepția unei liste opționale de
culori.

De exemplu, pentru a păstra fundalul alb și orice este negru,

-color aleatoriu alb, negru

Utilizați circos online folosind serviciile onworks.net