cleanasn - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

cleanasn - curatarea neregulilor din obiectele NCBI ASN.1

REZUMAT

cleanasn [-] [-A nume de fișier] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L nume de fișier] [-M nume de fișier]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i nume de fișier] [-j nume de fișier] [-k nume de fișier] [-m str] [-n cale]
[-o nume de fișier] [-p cale] [-q cale] [-r cale] [-v cale] [-x ext]

DESCRIERE

cleanasn este un program utilitar pentru curățarea neregulilor din obiectele NCBI ASN.1.

OPŢIUNI

Un rezumat al opțiunilor este inclus mai jos.

- Imprimați mesajul de utilizare

-A nume de fișier
Fișierul listei de aderare

-C str Operații de secvență, după steagurile din str:
c Comprimați
d Decomprimați
v Lacune virtuale în interiorul secvenței segmentate
s Convertiți setul segmentat în secvență delta

-D str Curățați descriptori, conform steaguri din str:
t Eliminați titlul
c Eliminați comentariul
n Eliminați titlul Nuc-Prot Set
e Eliminați titlul Pop/Phy/Mut/Eco Set
m Eliminați titlul ARNm
p Eliminați titlul proteinei

-F str Funcții de curățare, conform steagurilor din str:
u Eliminați obiectele utilizator
d Eliminați db_xrefs
e Eliminați /dovezi și /inferență
r Eliminați xrefurile genelor redundante
f Fuzibile caracteristici duplicate
k Codarea pachetului-regiune sau caracteristici ale pieselor
z Ștergeți sau actualizați numerele EC

-K str Efectuați o curățare generală, conform steagurilor din str:
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (prin un utilitar extern)
s SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n Normalizarea ordinii descriptorilor
u Eliminați obiectele utilizator NcbiCleanup
c Sincronizează codurile genetice
d Resincronizare partiale CDS
m Resincronizează parțialele de ARNm
t Resincronizare partiale de peptide
a Ajustați îmbinarea consensului
i Promovează la „cel mai rău” Seq-ID

-L nume de fișier
Fișier jurnal

-M nume de fișier
Fișier macro

-N str Curățați linkurile, conform steaguri din str:
o Legați ARNm CDS prin suprapunere
p Leagă ARNm CDS după produs
r Reatribuiți ID-urile caracteristicilor
f Remediați ID-urile caracteristicilor reciproce lipsă
c Ștergeți ID-urile caracteristicilor

-P Opțiuni de publicare:
a Eliminați toate publicațiile
s Eliminați numărul de serie
f Eliminați figura, numerotarea și numele
r Eliminați observația
u Actualizați publicația numai PMID
# Înlocuiește nepublicat cu PMID

-Q str Raport:
c Număr de înregistrări
r ASN.1 Raport OCEMN
s ASN.1 Raport SSEC
n Raportul NORM vs. SSEC
e Raport PopPhyMutEco AutoDef
o Raport de suprapunere
l Diferența de țară latitudine-longitudine
d Înregistrați diferențele SSEC
g GenBank SSEC dif
f asn2gb/asn2flat dif
h Dif. GenBank seg-la-delta
v Validator SSEC dif
m Modernizare Gene/ARN/PCR
u Căutare Pub nepublicată
p Căutare Pub publicat
j Raport Jurnal neindexat
x Scanare personalizată

-R Preluare de la distanță din ID (baze de date secvențe NCBI)

-S str Filtru selectiv de diferență (sărit cu majuscule)
s SSEC
b OCEMN
Un Autor
p Publicare
l Locația
ARN r
q Ordinea de sortare a calificativului
g bloc Genbank
k Pachetul CdRegion sau caracteristici componente
m Mutați publicația
o Lăsați publicația Bioseq duplicat
d Linie automată de definire
e Pop/Phy/Mut/Eco Setați linia de definiție

-T Căutare taxonomie

-U str Modernizare, conform steagurilor din str:
g Genele
ARN r
p Primeri PCR

-V str Eliminați funcțiile în funcție de gravitatea validatorului:
r Respingeți
e Eroare
w Avertisment
i Info

-X str Opțiuni diverse, pe stradă:
d Linie automată de definire
e Pop/Phy/Mut/Eco Setați linia de definiție
n Instanțiați titlul NC
m Instanțiați titluri NM
x Titluri speciale XM
p Instanțiați titluri de proteine
c Creați ARNm pentru secvențele de codificare
f Fixați reciproc protein_id/transcript_id

-Z str Eliminați obiectul utilizator indicat

-a str ASN.1 tip
a Oricare (implicit)
e Seq-intrare
b Bioseq
s Bioseq-set
m Seq-submit
t Procesare lot [Șir]

-b Intrarea ASN.1 este binară

-c Intrarea ASN.1 este comprimată

-d str Baza de date sursă
a Oricare (implicit)
g GenBank
e EMBL
d DDBJ
b EMBL sau DDBJ
r RefSeq
n NCBI
v Numai secvențe segmentate
w Excludeți secvențele segmentate
x Excludeți EMBL/DDBJ
y Excludeți gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f str Filtru subșir

-i nume de fișier
Fișier de intrare unic (implicit la stdin)

-j nume de fișier
Primul nume de fișier

-k nume de fișier
Ultimul nume de fișier

-m str Modul Flatfile:
r Eliberare
e Entrez
s Paiete
d Dump

-n cale
asn2flat executabil (implicit este /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o nume de fișier
Fișier de ieșire unic (implicit la stdout)

-p cale
Procesați toate fișierele care se potrivesc în cale

-q cale
ffdiff executabil (implicit este /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r cale
Calea spre rezultate

-v cale
asnval executabil (implicit este /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x ext Sufix de selecție a fișierelor pentru utilizare cu -p (implicit la .ent)

Utilizați cleanasn online folosind serviciile onworks.net