clustalw - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

clustalw - Alinierea multiplă a secvențelor de acid nucleic și proteine

REZUMAT

clustalw [-infile] fişier.ext [OPŢIUNI]

clustalw [-Ajutor | -fullhelp]

DESCRIERE

Clustal W este un program de aliniere multiplă de uz general pentru ADN sau proteine.

Programul realizează alinierea simultană a mai multor secvențe de nucleotide sau aminoacizi. Aceasta
este de obicei rulat interactiv, oferind un meniu și un ajutor online. Dacă preferați să utilizați
acesta in modul linie de comanda (batch), va trebui sa dati mai multe optiuni, minimul fiind
-infile.

OPŢIUNI

DATE (secvente)
-infile=fişier.ext
Secvențe de intrare.

-profil1=fişier.ext și -profil2=fişier.ext
Profiluri (aliniere veche)

VERBELE (de lucruri)
-Opțiuni
Listați parametrii liniei de comandă.

-Ajutor or -Verifica
Subliniați parametrii liniei de comandă.

-fullhelp
Produceți conținut de ajutor complet.

-alinia
Efectuați o aliniere multiplă completă.

-copac
Calculați arborele NJ.

-pim
Matricea de identitate procentuală de ieșire (în timp ce se calculează arborele).

-bootstrap=n
Bootstrap un arbore NJ (n= numărul de bootstraps; def. = 1000).

-convertit
Ieșiți secvențele de intrare într-un alt format de fișier.

PARAMETRI (a stabilit lucruri)
General setări:
-interactiv
Citiți linia de comandă, apoi intrați în meniurile interactive normale.

-Quicktree
Utilizați algoritmul FAST pentru arborele ghid de aliniere.

-tip=
PROTEINE or ADN-ul secvențe.

-negativ
Alinierea proteinelor cu valori negative în matrice.

-outfile=
Numele fișierului de aliniere a secvenței.

-ieșire=
GCG, DSG, PHYLIP, IRP or NEXUS.

-outputorder=
INTRARE or ALINIAT

-caz
INFERIOR or SUPERIOR (doar pentru ieșirea GDE).

-seqnos=
OFF or ON (doar pentru ieșirea Clustal).

-seqnos_range=
OFF or ON (NOU: pentru toate formatele de ieșire).

-gamă=m,n
Interval de secvență pentru a începe scrierea m la m+n.

-maxseqlen=n
Lungimea maximă permisă a secvenței de intrare.

-Liniște
Reduceți ieșirea consolei la minim.

-statistici=fişier
Înregistrați câteva statistici de aliniere la fişier.

Rapid Perechi Alinieri:
-ktuple=n
Dimensiunea cuvântului.

-topdiags=n
Numărul celor mai bune diag.

-fereastra=n
Fereastră în jurul celor mai bune diag.

-pairgap=n
Penalizare de gol.

-Scor
LA SUTĂ or ABSOLUT.

Încetini Perechi Alinieri:
-pwmatrix=
:Matricea de greutate a proteinelor=BLOSUM, PAM, GONNET, ID or nume de fișier

-pwdnamatrix=
Matricea de greutate ADN=BLOSUMIUB, BLOSUMCLUSTALW sau BLOSUMnume de fișier.

-pwgapopen=f
Penalty de deschidere a golului.

-pwgapext=f
Penalizare pentru extinderea golului.

Multiplu Alinieri:
-newtree=
Fișier pentru noul arbore de ghidare.

-usetree=
Fișier pentru arborele ghid vechi.

-matrice=
Matricea greutatii proteice=BLOSUM, PAM, GONNET, ID or nume de fișier.

-dnamatrix=
Matricea de greutate ADN=IUB, CLUSTALW or nume de fișier.

-gapopen=f
Penalty de deschidere a golului.

-gapext=f
Penalizare pentru extinderea golului.

-se prinde
Fără stilou de separare a golurilor de capăt.

-gapdist=n
Stilo de separare a golurilor. gamă.

-nogap
Lacunele specifice reziduurilor sunt oprite.

-nohgap
Lacune hidrofile dezactivate.

-hgapresidues=
Lista hidrofile res.

-maxdiv=n
Identitate procentuală pentru întârziere.

-tip=
PROTEINE or ADN-ul

-transgreutate=f
Ponderarea tranzițiilor.

-iterație=
NONE or COPAC or ALINIERE.

-numiter=n
Numărul maxim de iterații de efectuat.

Profil Alinieri:
-profil
Îmbinați două aliniamente după alinierea profilului.

-newtree1=
Fișier pentru noul arbore de ghidare pentru profile1.

-newtree2=
Fișier pentru noul arbore de ghidare pentru profile2.

-usetree1=
Fișier pentru arborele ghid vechi pentru profile1.

-usetree2=
Fișier pentru arborele ghid vechi pentru profile2.

Secvenţă la Profil Alinieri:
-secvente
Adăugați secvențial secvențe profile2 la alinierea profile1.

-newtree=
Fișier pentru noul arbore de ghidare.

-usetree=
Fișier pentru arborele ghid vechi.

Structure Alinieri:
-nosecstr1
Nu utilizați mască secundară de penalizare a decalajului de structură pentru profilul 1.

-nosecstr2
Nu utilizați mască secundară de penalizare a decalajului de structură pentru profilul 2.

-secstrout=STRUCTURA or MASCA or AMBII or NONE
Ieșire în fișierul de aliniere.

-helixgap=n
Penalizarea decalajului pentru reziduurile miezului helix.

-strandgap=n
Penalizarea decalajului pentru reziduurile de miez al firelor.

loopgap=n
Penalizare de decalaj pentru regiunile buclei.

-terminalgap=n
Penalizarea decalajului pentru capetele structurii.

-helixendin=n
Numărul de reziduuri din interiorul helixului care trebuie tratat ca terminal.

-helixendout=n
Numărul de reziduuri din afara spiralei care urmează să fie tratate ca terminal.

-strandendin=n
Numărul de reziduuri din interiorul firului de tratat ca terminal.

-strandendout=n
Numărul de reziduuri din exteriorul firului de tratat ca terminal.

Copaci:
-outputtree=nj OR phylip OR dist OR legătură

-samanta=n
Numărul de semințe pentru bootstraps.

-kimura
Folosește corecția lui Kimura.

- arunca goluri
Ignorați pozițiile cu goluri.

-bootlabels=nod
Poziția valorilor bootstrap în afișajul arborelui.

-clustering=
NJ sau UPGMA.

Utilizați clustalw online folosind serviciile onworks.net