cnrun - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

CNrun -- un simulator de rețea neuronală

REZUMAT

cnrun -h | -U | -e scenariu [OPȚIUNE ...]

DESCRIERE

CNrun este un simulator de rețea neuronală, similar cu NEURON sau GENESIS, dar fără prevedere
pentru compartimentele de unitate. Citește topologia rețelei în format NeuroML ca exportat, fi,
de neuroConstruct. Tipurile de unități sunt determinate de atributul „cell_type” din .nml
definiții.

Tipurile de neuroni disponibile, după șirul „cell_type” corespunzător, includ:

· HH și HHRate, neuroni Hodgkin-Huxley bazați pe conductanță și rata (Traub & Miles,
1991);

· Un simplu, dar rapid, fix-dt Hartă neuroni care imită modelul HH;

· Poisson, Van der Pol (VdP) și simplu Puls oscilatoare;

· sinapsele descrise în Rall et al, 1967 (miting) și Destexhe și colab., 1994 (AB).

Parametrii unității pot fi setați prin a set_parm_* comanda (vezi SCRIPTARE de mai jos); valorile pot fi
setat o dată înainte de simulare, sau continuu sau periodic, conform programului definit de utilizator.

O metodă de integrare Runge-Kutta cu 6-5 ordine este utilizată pentru a calcula variabilele de stare. Aceste
(potențialul de membrană E sau viteza instantanee de declanșare R pentru neuroni, eliberarea neurotransmițătorului
S pentru sinapse), precum și timpii de vârf pot fi înregistrate.

Suportul de scriptare în CNrun include comenzi pentru crearea și popularea unui model, setare
parametrii pentru unități individuale sau grupuri selectate pe baza potrivirii expresiilor regex. Variabile ('a =
1; b = a + 2') și expresiile aritmetice ('-', '+', '*', '/', '()' ) sunt acceptate.

OPŢIUNI

-C dir chdir to dir înainte de a alerga.

-D Eliminați toate tipurile de unități din model și ieșiți.

-e [scenariu]
Executa scenariu. Dacă această opțiune este dată fără un nume de fișier (sau nu este dată deloc),
porniți un interpret interactiv.

-s Sortați unitățile (de cele mai multe ori util cu rezultate detaliate).

-L[1dbxL]
Pentru toți ascultătorii:

d Amânați scrierea pe disc până când este finalizată, în loc să scrieți continuu (accelerează
simulare, dar nu puteți urmări progresul live cu gnuplot)

1 Înregistrați doar prima variabilă (adecvată pentru modelul HH, pe care unitățile au în
depășește cei trei parametri de gating neinteresanți).

b Scrieți mai degrabă în formă binară nativă decât în ​​ASCII. Acest lucru va accelera vizualizarea
(acum fișierele label.varx) cu gnuplot. Faceți complot cu „binar
format="%lf%lf"” pentru a realiza acest lucru.

Aceste opțiuni pot fi setate și folosind comanda listen_mode (care vezi, mai jos).

L log integrator dt.

-E dubla
Ascultați la acest interval (implicit 1 ms; setați la 0 pentru a asculta fiecare ciclu, ceea ce poate
lent cnrun jos considerabil). Disponibil și ca comandă listen_dt.

-k[l|0]
Scrieți un jurnal la nivelul întregului model al neuronilor cu vârfuri, folosind etichete („l”) sau ID-uri de unitate („0”).

-e int
Setați precizia pentru toate ieșirile (implicit 8).

-aceastadubla
dt_max (implicit 0.5).

-aceastadubla
dt_min (implicit 1e-05).

-ixdubla
Cap dt crește cu valoarea dt curentă x aceasta (implicit 5).

-nc Dezactivați coalescerea sinapselor (pentru evaluare comparativă).

-v int Setați nivelul de verbozitate (implicit 1; valorile de până la 7 sunt semnificative). Folosește un negativ
valoare pentru a afișa numai procentul de progres, indentat pe linie la -8 x aceasta
valoare.

-U Listați toate unitățile disponibile.

-h Imprimați prezentarea generală a opțiunilor din linia de comandă.

Spațiul este opțional între litera de opțiune și argument pentru opțiunile cu o singură literă.
Totuși, în toate opțiunile de două litere care acceptă un argument, asigurați-vă că nu există spațiu
între.

SCRIPTARE

Comenzile sunt delimitate de două puncte sau de linie nouă. Comentariile sunt rânduri care încep cu #. The
sunt disponibile următoarele comenzi:

model nou NUME
Creați un nou model numit NAME. Modelul existent este șters.

use_nml NML_FILE
Încărcați topologia rețelei din NML_FILE, creând un model dacă este necesar sau înlocuind un
topologia modelului existent.

merge_nml NML_FILE
Îmbinați topologia din NML_FILE.

add_neuron TIP ETICĂ
Adăugați un newron nou de tip TYPE cu eticheta LABEL.

add_synapse TIP SURSA ȚINTĂ G
Conectați neuronul etichetat SOURCE la o ȚINTĂ etichetată cu o sinapsă de tip
TYPE, cu gsyn G.

cull_deaf_synapses
Eliminați sinapsele cu greutate zero.

set_parm_neuron LABEL PARM VALUE
Setați parametrul PARM pentru un grup specificat de neuroni etichetați LABEL care se potrivesc.

set_parm_synapse SRC TGT PARM VALUE
Setați parametrul PARM pentru sinapsele dintre neuronii etichetați care se potrivesc cu SRC și TGT. The
Greutatea sinaptică, nefiind ea însăși un parametru de sinapsă, poate fi setată și cu aceasta
comandă: pentru a face acest lucru, utilizați „gsyn” ca PARM.

reseta Resetați modelul. Timpul model este derulat la 0 și toate unitățile au starea lor
variabilele resetate la valorile implicite ale stocului. Orice parametri de unitate alocați anterior și
sursele de date atașate sunt păstrate.

reset_revert_params
Resetați modelul. Timpul modelului este derulat la 0, toate unitățile au variabilele lor de stare
iar parametrii se resetează la valorile implicite ale stocului.

reset_state_units REGEX
Resetați unitățile ca mai sus, păstrând ora actuală a modelului.

avans_până la TIMP
Avansați până la TIME msec.

avansa TIMP
Advance TIME msec.

scoate REGEX
Ștergeți unitățile care se potrivesc cu REGEX după etichetă.

decima REGEX FRAC
Ștergeți aleatoriu unitățile FRAC dintr-o populație de unități selectate de REGEX.

începe_ascultă REGEX
Faceți ca unitățile potrivite să asculte.

opri_ascultă
Faceți ca unitățile care se potrivesc să nu mai asculte.

listen_dt [VALOARE]
Setați intervalul de ascultare la VALUE sau afișați valoarea curentă dacă nu este specificat VALUE.

listen_mode [SPEC]
Tipăriți (dacă argumentul este omis) modul de ascultare curent (doar o var., amânat
scrie și/sau binar); în caz contrar, activați modul corespunzător dacă „1”, „d” sau „b”
apare în SPEC sau dezactivați-l dacă se întâmplă și este imediat urmat de un „-”.
Rețineți că acele unități care ascultă deja nu vor fi afectate; pentru a schimba modul pentru
ei, problema începe_ascultă pentru ei după ce noul mod a fost setat.

start_log_spikes REGEX
Faceți neuroni care să se potrivească cu vârfurile de jurnal REGEX.

stop_log_spikes REGEX
Faceți neuronii care se potrivesc cu vârfurile de jurnal de oprire REGEX.

sxf_params ÎNTÂRZIERE:PERIOD:SIGMA
Setați funcția de densitate a vârfurilor întârzierea inițială, perioada de eșantionare și sigma conform specificațiilor.

descrie_model
Tipăriți un rezumat al topologiei modelului și al tipurilor de unități.

show_units REGEX
Imprimați parametrii și starea unităților care se potrivesc cu REGEX.

sursă_nouă TIP ID ARG...
Creați o nouă sursă de tip și cu un ID așa cum este indicat. Sursele pot fi conectate
la parametrii unității ca mijloc de a stabili un comportament în schimbare dinamică. Vedea
DINAMIC SURSE de mai jos.

sursă_conectare SOURCE_ID LABEL PARM
Conectați această sursă la parametrul unităților potrivite.

show_sources
Afișați sursele active în prezent (atât conectate, cât și inactive).

Exec [SCRIPT]
Executați un script. Dacă SCRIPT nu este specificat, porniți un interpret interactiv.

verbozitate [NIVEL]
Setați/afișați nivelul de verbozitate.

show_vars [REGEX]
Imprimați variabilele care se potrivesc cu REGEX sau toate variabilele dacă REGEX este omis.

clear_vars [REGEX]
Ștergeți variabilele care se potrivesc cu REGEX sau toate dacă REGEX este omis.

pauză [ÎNTÂRZIERE]
Întrerupeți pentru DELAY sec dacă este specificat, sau până când utilizatorul apasă Enter în caz contrar.

părăsi Ieșiți din interpretul curent dacă este sunat de Exec; ieșiți din program altfel.

Când utilizați interpretul în mod interactiv, TAB va lista completările în mod corespunzător,
în funcție de context.

DINAMIC SURSE

Pe lângă alocarea parametrilor/variabilelor unității statice cu set_parm_{neuron,synapse},
unitățile pot avea o sursă de date atașată la oricare dintre parametrii sau variabilei lor (chiar dacă
variabilele vor fi suprascrise în ciclul următor).

Sursele de date sunt de trei tipuri (un al patrulea este disponibil pentru dezvoltatori, unul arbitrar
funcția de utilizator a timpului, dar nu este expusă ca o comandă de interpret). Unde date pentru a
sursa sunt citite dintr-un fișier, valorile sunt citite folosind un operator „>>” (de la ) în
o variabilă dublă. Corespondența sursă_nouă argumentele sunt:

Benzi adezive FILE
Citiți perechile „valoare timp” din FILE și setați valoarea parametrului în consecință.

periodic FILE
Se așteaptă ca FILE să conțină, ca primă valoare numerică citită de scanf ("%lg"), o oră
perioadă în care următoarele valori sunt atribuite secvenţial parametrului.
Valorile sunt atribuite la începutul fiecărui ciclu de integrare.

Zgomot MINIM MAXIM
Generați (indiferent de timp) un număr aleator distribuit uniform în interior
MINIM MAXIM.

Similar parametrilor, variabilele de stare pot fi, de asemenea, setate în acest mod; în acest caz,
valorile citite vor depăși orice funcționare interioară a unității îi atribuie.
Acolo unde o bandă are un decalaj între timpii de atribuire mai mare decât dt curent, alocările sunt
încă făcut; acest lucru, cu toate acestea, nu se aplică surselor periodice (în special pentru performanță
motive).

SINAPSE COALESCARE

Sinapsele coalesce sunt cele care au parametri identici și au aceeași sursă.
Coalescarea reduce, în funcție de rata de divergență, de câte ori variabila S este recalculată
cu parametri identici pe ciclu; în plus pentru sinapsele găzduite, integrarea
vectorul este micșorat pentru a se potrivi cu un câștig suplimentar de performanță.

Coalescarea are loc automat între două sinapse din aceeași sursă când, până la urmă
alocările parametrilor, se constată că sunt identice (fără ține cont de greutățile sinaptice).
Dimpotrivă, atunci când utilizatorul schimbă un parametru într-o sinapsă unită, aceasta este diferită
din valoarea acelui parametru în celelalte, sinapsa respectivă devine independentă.

Rețineți că eticheta unei unități de sinapsă este formată dinamic din eticheta sursei cu a
punct și virgulă și numărul curent de ținte. O altă consecință a coalescerii este că
pot exista mai multe unități de sinapsă etichetate identic (prin urmare, unic pentru a identifica
o sinapsă, trebuie să specificați sursa și ținta acesteia).

Opțiunea de linie de comandă -nc poate fi folosit pentru a dezactiva coalescerea.

Utilizați cnrun online folosind serviciile onworks.net