Aceasta este comanda create_matrix care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
create_matrix - calculează matricea de similaritate a abundenței genomului
REZUMAT
create_matrix [Opțiuni] NUME
DESCRIERE
Calculați matricea de similaritate.
În primul rând, un set de citiri este simulat pentru fiecare genom de referință folosind un simulator de citire de la
core/tools.py specificat prin -s. În al doilea rând, citirile simulate ale fiecărei specii sunt mapate
împotriva tuturor genomilor de referință folosind mapper-ul specificat cu -m. În al treilea rând, rezultatul
Fișierele SAM sunt analizate pentru a calcula matricea de similaritate. Matricea de similaritate este stocată
ca fișier numpy (-o).
OPŢIUNI
NUME Numele fișierului fișierului de nume; fișierul cu nume de text simplu ar trebui să conțină un nume per
linia. Numele este folosit ca identificator în întregul algoritm.
-h, --Ajutor
afișați acest mesaj de ajutor și ieșiți
-s SIMULATOR, --simulator=SIMULATOR
Identificatorul simulatorului de citire definit în core/tools.py [implicit: niciunul]
-r REF, --referinţă=REF
Model de fișier de secvență de referință pentru simulatorul de citire. Substituent pentru nume este
„%s”. [implicit: ./ref/%s.fasta]
-m MAPPER, --cartograf=MAPPER
Identificatorul mapperului definit în core/tools.py [implicit: niciunul]
-i INDEX, --index=INDEX
Fișierele index de referință pentru mapatorul de citire. Substituent pentru nume este „%s”.
[implicit: ./ref/%s.fasta]
-t TEMP, --temp=TEMP
Director pentru a stoca seturi de date simulate temporare și fișiere SAM. [implicit: ./temp]
-o Afară, --ieșire=OUT
Fișierul matricei de similaritate de ieșire. [implicit: ./similarity_matrix.npy]
Utilizați create_matrix online folosind serviciile onworks.net
