Aceasta este comanda delta2blocks care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
delta2blocks - instrument suplimentar pentru mummer de la patch of mugsy pentru a sorta aliniamente
delta2maf - instrument suplimentar pentru mummer de la patch of mugsy pentru a sorta aliniamente
REZUMAT
delta2blocks [Opțiuni]<refID><qryID>
delta2maf [Opțiuni]<refID><qryID>
DESCRIERE
-h Afișează informații de ajutor
-q Sortați aliniamentele după coordonatele de început a interogării
-r Sortați aliniamentele după coordonatele de început de referință
-w int Setați lățimea ecranului - implicit este 60
-x int Setați tipul matricei - implicit este 2 (BLOSUM 62), alte opțiuni includ 1 (BLOSUM 45)
și 3 (BLOSUM 80)
notă: are efect numai asupra alinierii aminoacizilor
Intrarea este ieșirea .delta a programului „nucmer” sau „promer” transmis pe
Linie de comanda.
Ieșirea este la stdout și constă din toate aliniamentele dintre interogare și referință
secvențe identificate pe linia de comandă.
NOTĂ: Nu se face nicio sortare în mod implicit, prin urmare aliniamentele vor fi ordonate așa cum se găsesc în
cel intrare.
Utilizați delta2blocks online folosind serviciile onworks.net
