Aceasta este comanda diffseqe care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
diffseq - Comparați și raportați caracteristicile a două secvențe similare
REZUMAT
difseq -secventa secvenţă -secventa secvenţă -dimensiunea cuvintelor întreg
[-diferențe globale boolean] -outfile raportează -o înfrângere featout -combatere featout
difseq -Ajutor
DESCRIERE
difseq este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul (grupurile) de comenzi „Aliniere: Diferențe”.
OPŢIUNI
Intrare secțiune
-secventa secvenţă
-secventa secvenţă
Necesar secțiune
-dimensiunea cuvintelor întreg
Regiunile similare dintre cele două secvențe sunt găsite prin crearea unui tabel hash de
subsecvențe cu dimensiunea cuvintelor. 10 este o valoare implicită rezonabilă. Mărirea acestei valori (20?)
poate accelera ușor programul, dar va însemna că oricare două diferențe în interior
„dimensiunea cuvintelor” unul altuia va fi grupat ca o singură regiune de diferență. Această valoare
poate fi făcut mai mic (4?) pentru a îmbunătăți rezoluția diferențelor din apropiere, dar
programul va merge mult mai lent. Valoare implicită: 10
Suplimentar secțiune
-diferențe globale boolean
În mod normal, acest program va găsi regiuni de identitate care sunt lungimea
dimensiunea cuvântului specificată sau mai mare și va raporta apoi regiunile de diferență dintre
aceste regiuni care se potrivesc. Acest lucru funcționează bine și este ceea ce își doresc majoritatea oamenilor dacă sunt
lucrând cu secvențe lungi de acid nucleic suprapuse. De obicei nu esti interesat
în capetele care nu se suprapun ale acestor secvenţe. Dacă aveți secvențe proteice sau scurte
Secvențele de ARN, totuși, veți fi interesați de diferențele chiar de la capete. Aceasta
această opțiune este setată să fie adevărată, atunci diferențele de la capete vor fi de asemenea raportate.
Valoarea implicită: N
producție secțiune
-outfile raportează
-o înfrângere featout
Fișier pentru ieșirea caracteristicilor primei secvențe Valoare implicită: $(asequence.name).diffgff
-combatere featout
Fișier pentru ieșirea caracteristicilor celei de-a doua secvențe Valoare implicită: $(bsequence.name).diffgff
Utilizați diffseq online folosind serviciile onworks.net
