disulfinder - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

disulfinder - cisteină disulfură stare de legătură și predictor de conectivitate

REZUMAT

disulfinder [OPȚIUNI]

DESCRIERE

„disulfinder” este pentru prezicerea stării de legare disulfură a cisteinelor și a acestora
conectivitatea disulfură pornind doar de la secvență. Punțile disulfură joacă un rol major
în stabilizarea procesului de pliere pentru mai multe proteine. Predicția disulfurei
punți numai din secvență este, prin urmare, utilă pentru studiul structural și funcțional
proprietățile proteinelor specifice. În plus, cunoștințe despre starea de legare disulfură
de cisteine ​​poate ajuta procesul experimental de determinare a structurii și poate fi util
în alte sarcini de adnotare genomică. „disulfinder” prezice modelele de disulfură în două
etape de calcul: (1) starea de legare disulfurică a fiecărei cisteine ​​este prezisă de a
clasificator binar BRNN-SVM; (2) cisteinele despre care se știe că participă la formare
de punți sunt împerecheate de o rețea neuronală recursiva pentru a obține un model de conectivitate.

REFERINȚE

A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo şi P. Frasconi. DISULFIND: o stare de legare disulfură
și Cysteine ​​Connectivity Prediction Server, Nucleic Acids Research, 34 (Web Server
emisiune): W177-W181, 2006.

Pentru predictorul de conectivitate cu disulfură, vezi:

A. Vullo şi P. Frasconi. Predicția conectivității disulfurei folosind neuronale recursive
Networks and Evolutionary Information, Bioinformatica, 20, 653-659, 2004.

Pentru predictorul stării de legare a cisteinei vezi:

P. Frasconi, A. Passerini și A. Vullo. O arhitectură SVM în două etape pentru prezicerea
Starea de legare disulfurică a cisteinelor, Proc. Atelier IEEE privind rețelele neuronale pentru semnal
Prelucrare, pp.25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini și A.Vullo. Prezicerea stării de legare disulfură a
Cysteines with Combinations of Kernel Machines, Journal of VLSI Signal Processing, 35,
287-295, 2003.

OPŢIUNI

-a, --alternative=NUMĂR
modele alternative de conectivitate (implicit=3)

-o, --ieșire=DIR
directorul de ieșire unde vor fi salvate predicțiile (implicit=$PWD)

-p, --psi2=FIȘIER|DIR
intrare în format psi2 (PSI-BLAST Matrix în ASCII), fie un singur fișier, fie a
director (?). Generați acest lucru cu „blastpgp -j -Q FILE" unde N >= 2.

-r, --rootdir=DIR
directorul de lucru (implicit=~/disulfinder)

-k, --pkgdatadir=DIR
directorul de date pachet care conține Modele (implicit=/usr/share/disulfinder)

-F, --format={html|ascii}
tip de format de ieșire (implicit=ascii)

-d --blastdb=DIR
opțiunea blastpgp -d (implicit=/data/sp+trembl)

-c, --cleanpred
curățați fișierele de predicție intermediară (implicit=fals)

-P, --usepssm
utilizați pssm în loc de numărări pentru profiluri (implicit=fals)

-C, --stare de legătură cunoscută
presupunem că starea de legătură este cunoscută (un fișier pentru fiecare lanț din director
/Predicții/Bondstate/Viterbi) (implicit=fals)

-v, --versiune
versiunea disulfinder

-?, --Ajutor
ecran de ajutor

EXEMPLE

"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

Utilizați disulfinder online folosind serviciile onworks.net