efetch - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

efetch - preia intrări din bazele de date secvențe.

REZUMAT

efetch -Opțiuni [Bază de date:]

DESCRIERE

La sfârșitul anilor 90, efetch a fost un instrument foarte popular pentru a recupera extrem de rapid intrările din
cele mai comune baze de date publice de secvențe și motive bioinformatice.

BAZELE DE DATE

SWissprot/SP, PIR, WOrmpep/WP, EMbl, GEnbank/GB, ProDom, ProSite

OPȚIUNI:

-a Căutați cu numărul de acces

-f Ieșire în format Fasta

-q Ieșire numai secvență (o linie)

-s <#> Începe de la poziția #

-e <#> Opriți-vă la poziția #

-o Mai multe opțiuni și informații...

-D Specificați directorul bazei de date

-H Afișează datele antetului indexului

-p Afișați numele intrărilor în calea de căutare

-r Secvența de tipărire în format „raw”.

-m Preluare din mini bază de date mixtă

-M Ieșire în format mini

-b NU inversați ordinea octeților (SunOS, IRIX inversează, Alpha nu)

-d Specificați fișierul bazei de date (evitați acest lucru)

-i Specificați fișierul index (evitați acest lucru)

-l Specificați tabelul de căutare a diviziunii (evitați acest lucru)

-B Specificați baza de date (arhaic)

-A Returnați numai numele de intrare pentru numărul de acces

-n Dați secvenței acest nume

-x Nu necesită o interogare pentru a se potrivi exact cu numele intrării (evitați)

-w Pentru Wormpep: preluați și intrarea SwissProt cu referințe încrucișate

-h arată acest text de ajutor

MEDIUL

SWDIR = director SwissProt - baza de date si fisiere index EMBL PIRDIR = PIR
-- " -- WORMDIR = Wormpep -- " -- EMBLDIR = EMBL -- " -- GBDIR =
Genbank -- " -- PRODOMDIR = ProDom -- " -- PROSITEDIR = ProSite -- " -- DBDIR
= al utilizatorului -- " -- (format fast)

Fișierul bazei de date SEQDB (implicit SwissProt)

Fișierul index SEQDBIDX DIVTABL tabel de căutare

Ex. setenv DBDIR /pubseq/seqlibs/embl/

Rețineți că secvențele de consens al familiei Prodom pot fi preluate de PD:_#

Utilizați efetch online folosind serviciile onworks.net