exonerate-server - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

exonerate-server - un server de comparare a secvenței pentru exonerate

REZUMAT

exonera-server [ Opțiuni ] <index cale>

DESCRIERE

exonera-server este un server cu mai multe fire pentru programul de aliniere a secvenței de exonerare.

Utilizează un set de secvențe și un fișier index corespunzător pentru a permite rapid seturi de date mari.

ÎNSCRIERI

În primul rând, un .esd fișierul trebuie făcut din fișierele de secvență. The .esd fișierul este Exonerat
Fișier Sequence Dataset și poate fi folosit pentru a grupa orice set de secvențe în care fiecare
secvențe care conțin identificatori unici. Acest lucru se realizează folosind fasta2esd utilitate.

fasta2esd genom.fasta genom.esd

Apoi, un .esi dosarul meu fi făcut din .esd fişier. .esi fișierul este o secvență de exonerare
Fișier index și conține un index sau un set de indici corespunzători unui anumit set de date.
Acest lucru se realizează folosind esd2esi utilitate.

esd2esi genom.esd genomului.esi

Odată ce .esi a fost generat, serverul de exonerare poate fi pornit.

exonera-server genomului.esi

În timp ce serverul rulează, exonerare poate fi folosit pentru a interoga serverul prin înlocuirea
secvențe țintă în linia de comandă cu numele serverului și numărul portului. The
numărul de port implicit pentru serverul de exonerare este 12886.

absolvi interogare.fasta localhost: 12886

OPŢIUNI

Unele dintre opțiunile liniei de comandă pentru serverul de exonerare sunt aceleași ca și pentru
exonera clientul, iar acestea sunt documentate în pagina de manual pentru absolvi.
alte opțiuni care sunt specifice exonera-server sunt documentate aici.

--port
Specificați portul pe care ar trebui să asculte serverul. În mod implicit, exonera-server
va asculta pe portul 12886, dar pot fi specificate porturi alternative cu această opțiune.

--intrare <index dosar>
Specificați fișierul index care va fi utilizat la pornirea serverului. Această opțiune este
obligatoriu. Fișierul index este a .esi fișierul generat de esd2esi utilitate.

--preîncărcare
Implicit indicii conținuți în .esi fișier și secvențele la care se face referire în
corespunzătoare .esd fișierele sunt încărcate în memorie când serverul este pornit.
Acest lucru este necesar pentru a obține o performanță rapidă care altfel ar fi împiedicată
accese frecvente la disc. Această opțiune permite preîncărcarea indexului și a secvenței
oprit, ceea ce permite serverului să ruleze mult mai lent, dar mai rapid
pornire și o amprentă mai mică de memorie. Nu este recomandat să dezactivați preîncărcarea
cu excepția cazului în care testează sau depanează serverul.

--maxconnections
Serverul este multithreaded. Această opțiune setează numărul de procese ale clientului care
li se permite să se conecteze la server simultan. Pentru o performanță bună, acesta
nu trebuie setat la mai mult decât numărul de procesoare de pe mașina pe care
serverul rulează.

--verbositate
Setați nivelul de verbozitate pentru server. Dacă este zero, serverul va fi silențios,
și cu cât numărul este mai mare, cu atât serverul raportează mai multe mesaje despre ce
se întâmplă.

INTERFAȚĂ

Această secțiune documentează interfața de comunicare între
clientul și serverul. Interfața este documentată pentru persoanele care doresc să scrie
propriul lor server personalizat să stea în spatele exonerate - pentru utilizarea normală a exonerate, it
nu este necesar să știți acest lucru.

Interfața funcționează prin trimiterea de către client a liniilor de comandă simple și prin trimiterea serverului
linii de răspuns simple peste o priză. Toate comenzile și răspunsurile sunt linii simple de ASCII
text, astfel încât este posibil să utilizați telnet ca client pentru testarea unui server.

Orice comandă este o singură linie de text, dar un răspuns poate conține mai multe rânduri de text. The
răspunsurile sunt sub formă de :

Orice răspuns poate include rânduri cu eticheta avertizare: or eroare: Acestea avertizare: și eroare: tag-uri
sunt ecou de către client, iar clientul va ieși după ce a primit oricare eroare: răspuns.

Când serverul returnează un răspuns pe mai multe linii, prima linie trebuie să arate numărul de
rânduri în întregul răspuns ca: număr de linii: Pentru exemple, consultați răspunsurile de la obține
hsps comenzile din sesiunea exemplu de mai jos.

Clientul va deschide o singură conexiune la orice server, deși este multithreaded
serverul este evident necesar pentru a permite mai multor clienți să se conecteze simultan.

Comenzi și raspunsuri utilizat in pentru il interfață.
Comanda: versiune
Răspuns: versiunea

Comanda: ieşire
Răspuns: (nici un răspuns - serverul închide conexiunea)

Comanda: dbinfo
Răspuns: dbinfo:

dbinfo comanda returnează informații despre baza de date încărcată pe server.
Câmpurile returnate sunt:

fie ADN, fie proteine
fie softmasked fie demasked
numărul de secvențe din baza de date
lungimea celei mai lungi secvențe din baza de date
lungimea totală a tuturor secvenţelor din baza de date

Comanda: căutare
Răspuns: căutare:

Comanda de căutare este utilizată pentru a mapa un identificator extern cu unul intern
identificator.

Comanda: obține info
Răspuns: seqinfo: [ ]

Comanda get info returnează informații despre o secvență din baza de date. The
câmpurile returnate sunt:

lungimea secvenței
o sumă de verificare în format gcg (vezi mai jos)
id-ul extern (de ex. din antetul fasta)
o linie de descriere a secvenței (tot din fasta
antet), acest câmp este opțional și poate fi omis.

Comanda: obține urm
Răspuns: seq:

Comanda get seq returnează o întreagă secvență pe o singură linie.

Comanda: obține subsecv
Răspuns: subseq:

Comanda get subseq returnează o parte dintr-o secvență. Începutul secvenței este
pozitia zero. de exemplu. get subseq 0 0 10 va returna primele 10 baze ale
prima secvență din baza de date.

Comanda: set întrebare
Raspuns: ok:

Comanda seq query este folosită pentru a trimite o secvență de interogare către server. Aceasta
returnează lungimea secvenței și o sumă de control gcg

Comanda: revcomp
Raspuns: ok: șuviță

Comanda revcomp query face ca serverul să completeze interogarea inversă. Acest
este de a salva lățimea de bandă a trimiterii interogării de două ori.

Comanda revcomp target este de a spune serverului să trateze baza de date ca pe aceasta
complement invers. Clientul trimite această comandă numai atunci când caută un
baza de date tradusă, deci nu trebuie implementată pentru majoritatea tipurilor de căutare.

Comanda: set PARAM
Raspuns: ok:

Comanda set parameter trimite parametrii din linia de comandă exonerare către
server-ul. Toate aceste comenzi pot fi ignorate de client pentru o bază
implementare, dar nu poate fi ignorat pentru o performanță optimă.

Comanda: obține hsps
Răspuns: hspset: { }
Sau: hspset: gol

Comanda get hsps este comanda principală pentru obținerea de seturi de hsps. Server-ul
poate returna mai multe hpssets. Câmpurile returnate sunt:

ID-ul intern al secvenței țintă pentru aceste seturi HSP.
Poziția de pornire a interogării hsp
Poziția de pornire țintă hsp
Lungimea hsp

Ultimele trei câmpuri reprezintă un HSP și pot fi repetate de mai multe ori pe unul singur
hspset: linia de răspuns.

A simplu exemplu client serverul dialog.
% telnet localhost 12886
Încercați 127.0.0.1...
Conectat la localhost.localdomain.
Caracterul de evacuare este „^]”.
% versiune
versiunea: exonerate-server 2.0.0
% dbinfo
dbinfo: ADN softmasked 100000 1701 38113579
% căutare AA159529.1
căutare: 88065
% obține informații 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pancreas (#937208) Homo sapiens cDNA
% obține seq 88065
secv: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% obține subseq 88065 10 20
următor: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% setată interogare NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
ok: 62 2028
% obțin hsps
număr de linii: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
interogare % revcomp
ok: interogare revcomp
% obțin hsps
număr de linii: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% Ieșire
Conexiune închisă de către gazda externă.

MEDIUL

Nu este documentat încă.

EXEMPLE

1. Exemplu de creare a unui index tradus și de rulare a unei căutări rapide protein2genome folosind
exonera-server

fasta2esd uman.genomic.fasta uman.genomic.esd esd2esi --traduce da uman.genomic.esd
uman.genomic.trans.esi exonera-server --port 1234 uman.genomic.trans.esi absolvi
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

VERSIUNE

Această documentație însoțește versiunea 2.2.0 a pachetului de exonerare.

Utilizați exonerate-server online folosind serviciile onworks.net