Aceasta este comanda FCluster care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
AmpliconNoise - elimină zgomotul din datele secvenței de nucleotide de mare capacitate
VERSIUNE
Această documentație se referă la versiunea 1.22
REZUMAT
Vedea /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz pentru detalii despre cum să rulați.
DESCRIERE
Sunt incluse următoarele instrumente. Majoritatea dintre ele au un echivalent MPI, de exemplu
SeqNoise are un SeqNoiseM echivalent care poate fi folosit cu mpirun.
FastaUnique - dereplica fișierul fasta
-in șir nume fișier de intrare
Opțiuni:
FCcluster
-in distanță șir de intrare nume fișier
-out string fișier de ieșire stub
Opțiuni:
-r rezoluție
-o legătură medie
-w folosiți greutăți
-am citit identificatori
-s scară dist.
NDist - matrice de distanță a secvenței Needleman-Wunsch în perechi dintr-un fișier fasta
-in string fata nume de fisier
Opțiuni:
-i identificatori de ieșire
Perseu - ucide monștri
-sin șir seq nume fișier
Opțiuni:
-tin șir de referință fișier secvență
-a alinieri de iesire
-d folosi dezechilibrul
-rin șir de căutare nume fișier
PyroDist - matricea distanțelor perechi de la diagrame de flux
-in nume de fișier flux șir
-out stub out file stub
Opțiuni:
-ni nici un index în fișierul dat
-rin șir de căutare nume fișier
PyroNoise - clustere flowgrame fără aliniamente
-din string flux nume de fișier
-out string cluster nume fișier de intrare
-lin fișier cu listă de șiruri
Opțiuni:
-v verbos
-c cut off inițial dublu
-ni nici un index în fișierul dat
-s dubla precizie
-rin nume de fișier de căutare a fișierului
SeqDist - matrice de distanțe perechi dintr-un fișier fasta
-in string fasta nume de fișier
Opțiuni:
-i identificatori de ieșire
-rin șir de căutare nume fișier
SeqNoise - secvențe de clustere
-în secvență de șiruri nume fișier
-din string distanta nume de fișier matrice
-out string cluster nume fișier de intrare
-lin fișier cu listă de șiruri
Opțiuni:
-min fișier de mapare
-v verbos
-c cut off inițial dublu
-s dubla precizie
-rin șir de căutare nume fișier
SplitClusterEven
-din șir dat nume fișier
-min șir hartă nume de fișier
-tin string arbore nume de fișier
-s divide dimensiunea
-m dimensiune min
Utilizați FCluster online folosind serviciile onworks.net
