fmcs - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

fmcs - fmcs

DESCRIERE

utilizare: fmcs [-h] [--maximize {atomi,bonds}] [--min-num-atoms INT]

[--compara {topologie,elemente,tipuri}] [--atom-compare {orice,elemente,izotopi}]
[--bond-compare {any,bondtypes}] [--atom-class-tag TAG] [--ring-match-ring-only]
[--complete-rings-only] [--selectați SELECT] [--timeout SECONDS] [--output FILENAME]
[--format-ieșire {smarts,fragment-smiles,fragment-sdf,complete-sdf}] [--output-all]
[--save-atom-class-tag TAG] [--save-counts-tag TAG] [--save-atom-indices-tag TAG]
[--save-smarts-tag TAG] [--save-smiles-tag TAG] [--times] [-v] [--version] nume fișier

Găsiți substructura maximă comună a unui set de structuri

pozitional argumente:
nume de fișier
fișier SDF sau SMILES

facultativ argumente:
-h, --Ajutor
afișați acest mesaj de ajutor și ieșiți

--maximizează {atomi, legături}
Maximizați numărul de „atomi” sau „legături” în MCS. (Implicit: obligațiuni)

--min-num-atomi INT
Număr minim de atomi în MCS (implicit: 2)

--comparaţie {topologie,elemente,tipuri}
Utilizați „topologie” ca prescurtare pentru „--atom-compare any --bond-compara orice',
„elements” este „--atom-compare elements --bond-compara orice”, iar „tipuri” este
'--atomcompare elemente --bond-compara bondtypes' (Implicit: tipuri)

--atom-compara {orice,elemente,izotopi}
Specificați metoda de comparare a atomilor. Cu „oricare”, fiecare atom se potrivește cu oricare altul
atom. Cu „elemente”, atomii se potrivesc numai dacă conțin același element. Cu
„izotopi”, atomii se potrivesc numai dacă au același număr de izotopi; element
informațiile sunt ignorate, astfel încât [5C] și [5P] sunt identice. Acest lucru poate fi folosit pentru
implementați tastarea atomică definită de utilizator. (Implicit: elemente)

--bond-compara {orice,tipuri de obligațiuni}
Specificați metoda de comparare a obligațiunilor. Cu „oricare”, fiecare legătură se potrivește cu oricare alta
legătură. Cu „tipuri de obligațiuni”, obligațiunile sunt aceleași numai dacă tipurile lor de legături sunt aceleași.
(Implicit: tipuri de obligațiuni)

--atom-class-tag TAG
Utilizați atribuirea clasei atom din câmpul „TAG”. Datele etichetei trebuie să conțină un spațiu
listă separată de numere întregi în intervalul 1-10000, câte unul pentru fiecare atom. Atomii sunt
identice dacă și numai dacă clasele lor de atomi corespunzătoare sunt aceleași. Rețineți că
„003” și „3” sunt tratate ca valori identice. (Nu este utilizat în mod implicit)

--ring-match-ring-only
Modificați comparația legăturilor astfel încât legăturile inelare să se potrivească numai cu legăturile inelare și cu legăturile în lanț
se potrivesc numai legături de lanț. (Atomii inelului se pot potrivi în continuare cu atomii care nu sunt inel.)

--numai-inele-complete
Dacă o legătură este o legătură inelară în structurile de intrare și o legătură este în MCS, atunci
obligația trebuie, de asemenea, să fie într-un inel în MCS. Selectarea acestei opțiuni activează și
--ring-match-ring-only.

--Selectați SELECT
Selectați un subset de înregistrări de intrare de procesat. Exemplu: 1-10,13,20,50- (Implicit:
„1-”, care selectează toate structurile)

--pauză SECUNDE
Raportați cea mai bună soluție după ce rulați cel mult secunde „timeout”. Folosiți „niciunul”
pentru nici un timeout. (Implicit: niciunul)

--ieșire NUME DE FIȘIER, -o NUME DE FIȘIER
Scrieți rezultatele în FILENAME (Implicit: utilizați stdout)

--format de iesire {smarts,fragment-smiles,fragment-sdf,complete-sdf}
„smarts” scrie modelul SMARTS, inclusiv criteriile de atom și de legătură.
„fragment-smiles” scrie un fragment care se potrivește ca șir SMILES. „fragment-sdf”
scrie un fragment potrivit ca fișier SD; vedea --save-atom-class pentru detalii despre cum
informațiile despre clasa atom sunt salvate. „complete-sdf” scrie întregul fișier SD cu
fragment de informații stocate în eticheta specificată de --save-fragment-indexes-tag.
(Implicit: inteligență)

--ieșire-toate
În mod implicit, formatele de ieșire ale structurii arată doar un MCS pentru prima intrare
structura. Dacă această opțiune este activată, atunci există un MCS pentru toate structurile
afișate.

--save-atom-class-tag TAG
Dacă sunt specificate clase de atomi (prin --class-tag) iar formatul de ieșire este
„fragment-sdf” apoi salvează clasele de atomi de substructură în eticheta TAG, în fragment
ordinea atomilor. În mod implicit, aceasta este valoarea lui --atomclass-tag.

--save-counts-tag TAG
Salvați numărul de fragmente, numărul de atomi și numărul de legături în eticheta SD specificată ca
numere întregi separate prin spațiu, cum ar fi „1 9 8”. (Numărul de fragmente nu va fi mai mare decât
1 până când fmcs acceptă MCS-uri deconectate.)

--save-atom-indexes-tag TAG
Dacă sunt specificate clase de atom și formatul de ieșire este „complete-sdf”, atunci salvați
Indici de atomi de fragment MCS la eticheta TAG, în ordinea MCS. (Implicit: mcs-atomindices)

--save-smarts-tag TAG
Salvați MCS SMARTS pe eticheta SD specificată. Folosește „-” dacă nu există MCS

--salvează-zâmbete-etichetă TAG
Salvați fragmentul SMILES în eticheta SD specificată. Folosește „-” dacă nu există MCS

--ori
Imprimați informațiile de sincronizare pe stderr

-v, --verbos
Imprimați statisticile de progres în stderr. Utilizați de două ori pentru o verbozitate mai mare.

--versiune

Pentru mai multe detalii despre aceste opțiuni, consultați https://bitbucket.org/dalke/fmcs/

Utilizați fmcs online folosind serviciile onworks.net