fox - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

Fox - determinarea structurii ab-initio din datele de difracție

REZUMAT

vulpe [Opțiuni] [fișier.xml]

DESCRIERE

vulpe Programul (Obiecte libere pentru cristalografie) a fost realizat pentru cristalul ab initio
soluție de structură din datele de difracție. Cele mai interesante caracteristici ale sale pentru ab initio
determinarea structurii sunt:

* descrierea versatilă a conținutului de cristal;

* corecție automată pentru poziții speciale și atomi împărțiți între poliedre;

* capacitatea de a utiliza simultan mai multe modele de pulbere;

* algoritmi inteligente de optimizare globală;

* o interfață grafică cu o vedere 3D a structurii de cristal și actualizări live în timpul
proces de optimizare.

OPŢIUNI

Acest program poate fi executat cu sau fără opțiuni de linie de comandă sau fișier de intrare (file.xml).
Urmează sintaxa obișnuită a liniei de comandă GNU, cu opțiuni lungi care încep cu două liniuțe
(`-'). Un rezumat al opțiunilor este inclus mai jos. Pentru o descriere completă, vezi vulpea
Wiki http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

--Ajutor Afișează rezumatul opțiunilor.

--loadfouriergrd harta.grd
Încărcați și afișați harta Fourier „map.grd” cu (prima) structură de cristal

--loadfourierdsn6 harta.DN6
Încărcați și afișați o hartă Fourier DSN6 cu (prima) structură de cristal

--nogui
Rulați fără GUI, lansează automat optimizarea --nogui poate fi însoțit de
următoarele opțiuni:

-n 10000
Rulați pentru cel mult 10000 de încercări (implicit: 1000000)

--nbrun 5
Efectuați 5 alergări, randomizare înainte de fiecare rulare (implicit: 1), utilizați -1 pentru a rula pe termen nelimitat

-o out.xml
Ieșire în „out.xml”

--aleatorizare
Randomizați configurația inițială

--tăcut
Produceți (aproape) niciun text

--costul final 0.15
Rulați optimizarea până la costul < 0.15

--cif2pattern 1.5406 170 5000 .1
Simulați modelul pentru cristalul de intrare, lungime de undă=1.5406 până la 170° cu 500 de puncte
și o lățime a vârfului de 0.1°

EXEMPLE

Vulpe silicon.xml
Încărcați fișierul „silicon.xml” și lansați GUI.

Vulpe Cimetidină-pulbere.xml --nogui --aleatorizare -n 1000000 -o cel mai bun.xml
Încărcați fișierul „ktartrate.xml”, randomizați, apoi faceți 1 optimizare a 1 milion de încercări,
și salvați cea mai bună structură în „best.xml”.

Vulpe Cimetidină-pulbere.xml --nogui --aleatorizare -n 10000000 --nbrun 10 -o cel mai bun.xml
Încărcați fișierul „Cimetidine-powder.xml”, apoi faceți 10 rulări (începând de la un
structura) de 10 milioane de încercări (fiecare rulare salvează un fișier xml) și salvați cel mai bun
structura în „best.xml”.

Vulpe Cimetidină-pulbere.xml --nogui --tăcut --aleatorizare -n 10000000 --nbrun 10 --costul final
200000 -o cel mai bun.xml
Încărcați fișierul „Cimetidine-powder.xml”, apoi faceți 10 rulări silențioase a 10 milioane de încercări
(fiecare rulare salvează un fișier xml) și salvează cea mai bună structură în „best.xml”. Pentru fiecare
rulați, optimizarea se oprește dacă costul scade sub 200000.

Utilizați Fox online folosind serviciile onworks.net