frendp - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

frend.pl -- Redați un fișier cu caracteristici grafice::Biografie pe web

REZUMAT

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

DESCRIERE

Scriptul frend.pl este un front-end subțire în jurul modulului Bio::Graphics. Acceptă a
lista de fișiere care conțin coordonatele caracteristicii secvenței (proteine, nucleotide) din
fișiere listate pe linia de comandă sau pe intrare standard, le redă și produce un PNG
fișier pe ieșire standard.

INSTALARE

Copiați acest script în directorul cgi-bin al site-ului dvs. web. Numiți cum doriți.

Caracteristică Fişiere Format

Acest script acceptă și procesează adnotări de secvență într-un format simplu delimitat de tabulatori sau
în format GFF.

Formatul fișierului de caracteristici are o secțiune de configurare și o secțiune de date. Configurația
secțiunea stabilește dimensiunea și proprietățile generale ale imaginii, iar secțiunea de date oferă
datele caracteristicilor în sine.

Configuraţie Secțiune
Dacă nu este furnizat, acest script generează o secțiune de configurare implicită rezonabilă pentru
dvs., deci nu trebuie să furnizați o secțiune de configurare pentru a obține o imagine rezonabilă.
Cu toate acestea, pentru a regla aspectul imaginii, probabil că veți dori să modificați
configurație. Iată un extras din secțiunea de configurare:

# exemplu de fișier
[general]
baze = -1000..21000
înălțime = 12

[EST]
glif = segmente
bgcolor= galben
conector = solid
înălțime = 5

[FGENES]
glif = transcriere2
bgcolor = verde
descriere = 1

Secțiunea de configurare este împărțită într-un set de secțiuni, fiecare etichetată cu a
[titlul secțiunii]. Secțiunea [general] specifică opțiuni globale pentru întreaga imagine.
Alte secțiuni se aplică anumitor tipuri de caracteristici. În exemplul de mai sus, configurația
din secțiunea [EST] se aplică caracteristicilor etichetate ca EST, în timp ce configurația din
Secțiunea [FGENES] se aplică caracteristicilor etichetate ca predicții din gena FGENES
program de predicție.

În interiorul fiecărei secțiuni se află o serie de perechi nume=valoare, unde numele este numele unui
opțiune de setat. Puteți pune spațiu în jurul semnului = pentru a-l face mai lizibil sau chiar
folosiți două puncte (:) dacă preferați. Sunt recunoscute următoarele nume de opțiuni:

Exemplu de valoare de opțiune
------ ----- -------

baze Min & max al intervalului de secvență (bp) 1200..60000
lățime lățime imagine (pixeli) 600
înălțime Înălțimea fiecărui element grafic (pixeli) 10
glif Stil al fiecărui element grafic (vezi mai jos) transcriere
fgcolor Culoarea primului plan a fiecărui element galben
bgcolor Culoarea de fundal a fiecărui element albastru
lățimea liniilor Lățimea liniilor 3
etichetă Tipăriți numele caracteristicii 1
descriere Dacă se imprimă descrierea caracteristicii 0
bump Elementele nu au voie să se ciocnească 1
bifă Imprimare semne de bifă pe săgeți 1
conector Tip de conector de grup (liniat, pălărie sau solid) punctat

Opțiunile „baze” și „lățime” sunt relevante doar în secțiunea [general]. Sunt
suprascris de opțiunile de linie de comandă numite similar.

Restul opțiunilor pot fi localizate în orice secțiune, dar dacă sunt prezente în
Secțiunea [general] va seta valorile implicite pentru celelalte.

Culorile sunt nume de culori în limba engleză sau culori în stil web #RRGGBB (vezi o carte despre HTML
pentru o explicație). Valorile adevărat/fals sunt 1 pentru adevărat și 0 pentru fals. Intervalele numerice pot
fi exprimat în mod start..end cu două puncte sau ca start-end cu o cratimă.

Opțiunea „glif” controlează modul în care sunt redate caracteristicile. Următoarele glife sunt
implementat:

Descrierea numelui
---- -----------

casetă Un dreptunghi umplut, nedirecțional.
elipsa Un oval.
săgeată O săgeată; poate fi unidirecţional sau
bidirectional. De asemenea, este capabil să se afișeze
o scară cu semne majore și minore și poate
fie orientat orizontal sau vertical.
segmente Un set de dreptunghiuri umplute conectate printr-un solid
linii. Folosit pentru funcții întrerupte, cum ar fi
aliniamente întrerupte și grupuri de exoni.
transcriere Similar segmentelor, dar linia de legătură este
o formă de „pălărie” și direcția
transcrierea este indicată de o săgeată mică.
transcriere2 Similar cu transcrierea, dar direcția de
transcrierea este indicată de un segment terminal
în formă de săgeată.
amorse Două săgeți orientate spre interior legate printr-o linie. Folosit pentru STS-uri.

Opțiunea bump este cea mai importantă opțiune pentru controlul aspectului imaginii. Dacă este setat
la fals (numărul 0), apoi caracteristicile au voie să se suprapună. Dacă este setat la adevărat (the
numărul 1), apoi caracteristicile se vor deplasa vertical pentru a evita ciocnirea. Dacă nu este specificat,
bump este activat dacă numărul oricărui tip de caracteristică secvență este mai mare de 50.

Date Secțiune
Secțiunea de date poate urma sau continua secțiunea de configurare. Cele două secțiuni pot
fi de asemenea amestecate. Secțiunea de date este o filă sau un fișier delimitat de spații albe pe care îl puteți
exportați dintr-o aplicație de calcul sau dintr-un fișier de procesor de text (asigurați-vă că ați salvat ca text
numai!)

Iată un exemplu de secțiune de date:

Cosmid B0511. 516-619 Cosmid B0511. 3185-3294 Cosmid
B0511. 10946-11208 Cosmid B0511. 13126-13511 Cosmid
B0511. 66-208 Cosmid B0511. 6354-6499 Cosmid B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700, 15800-53 EST yk10.5cXNUMX +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Pește suedez FGENESH „Gene
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Domeniu transmembranar
FGENESH „Genă 2” - 16626-17396,17451-17597 Domeniile kinazei și sushi

Fiecare linie a fișierului conține cinci coloane. Coloanele sunt:

Coloana # Descriere
-------------------

1 tip de caracteristică
2 nume caracteristică
Linia 3
4 coordonate
5 descriere

Tip de caracteristică
Tipul de caracteristică ar trebui să corespundă unuia dintre titlurile [tip de caracteristică] din
secțiunea de configurare. Dacă nu, opțiunile [generale] vor fi aplicate
caracteristică atunci când o redați. Numele caracteristicii este un nume pentru caracteristică. Folosește o "." sau
„-” dacă acest lucru nu este relevant. Dacă numele conține spații albe, puneți single sau double
ghilimele ("") în jurul numelui.

Șuviță
Șuvița indică pe ce șuviță se află caracteristica. Este unul dintre „+” pentru atacant
fir, "-" pentru firul invers sau "." pentru caracteristici care nu sunt blocate.

coordonate
Coloana de coordonate este un set de unul sau mai multe intervale pe care le ocupă caracteristica.
Intervalele sunt scrise folosind „..” ca în start..stop, sau cu cratime, ca în start-stop.
Pentru caracteristicile care sunt compuse din mai multe intervale &em; de exemplu transcrieri care
au mai mulți exoni &em; puteți fie să puneți intervalele pe aceeași linie, separate prin
virgule sau spații sau puneți intervalele pe linii individuale și utilizați aceeași caracteristică
nume și tastați pentru a le grupa. În exemplul de mai sus, caracteristicile Cosmid B0511 folosesc
stil de linie individual, în timp ce caracteristicile FGENESH folosesc toate gamele pe o singură linie
stil.

Descriere
Ultima coloană conține un text descriptiv. Dacă opțiunea descriere este setată la
adevărat, acest text va fi imprimat sub caracteristica din randare.

În cele din urmă, este posibil să grupați funcțiile asociate împreună. Un exemplu sunt EST-urile
yk53c10.5 și yk53c10.3, care sunt legate prin citirea de la cele două capete ale clonei
yk53c10. Pentru a indica această relație, generați o secțiune care arată astfel:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

Grupul este indicat printr-o linie care conține doar două coloane care conțin caracteristica
tip și un nume unic pentru grup. Urmați această linie cu toate caracteristicile care formează
grup, dar lăsați prima coloană (tipul de caracteristică) necompletată. Grupul va fi redat de
trasând o linie întreruptă între toți membrii grupului. Puteți schimba acest lucru prin
specificând o altă opțiune de conector în secțiunea de configurare pentru această caracteristică
tip.

Utilizați frendp online folosind serviciile onworks.net