Aceasta este comanda fuzznuce care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
fuzznuc - Căutare modele în secvențele de nucleotide
REZUMAT
fuzznuc -secvenţă seqall -model model -completa boolean -outfile raportează
fuzznuc -Ajutor
DESCRIERE
fuzznuc este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul (grupurile) de comandă „Nucleic:Motifs”.
OPŢIUNI
Intrare secțiune
-secvenţă seqall
-model model
Sunt utilizate codurile standard de o literă IUPAC pentru nucleotide. Simbolul „n” este
folosit pentru o poziție în care este acceptată orice nucleotidă. Ambiguitățile sunt indicate prin
enumerarea nucleotidelor acceptabile pentru o poziție dată, între paranteze pătrate '[
]'. De exemplu: [ACG] înseamnă A sau C sau G. Ambiguitățile sunt, de asemenea, indicate prin
enumerarea între o pereche de paranteze „{ }” nucleotidele care nu sunt acceptate
la o poziție dată. De exemplu: {AG} reprezintă orice nucleotide, cu excepția A și G. Fiecare
elementul dintr-un model este separat de vecinul său printr-un „-”. (Opțional în fuzznuc).
Repetarea unui element al modelului poate fi indicată urmând acel element
cu o valoare numerică sau un interval numeric între paranteze. Exemple: N(3)
corespunde cu NNN, N(2,4) corespunde cu NN sau NNN sau NNNN. Când un model este
limitat fie la capătul 5’ sau 3’ al unei secvențe, modelul respectiv începe fie cu a
Simbolul „<” sau, respectiv, se termină cu simbolul „>”. O perioadă încheie tiparul.
(Opțional în fuzznuc). De exemplu, [CG](5)TG{A}N(1,5)C
Avansat secțiune
-completa boolean
Valoarea implicită: N
producție secțiune
-outfile raportează
Utilizați fuzznuce online folosind serviciile onworks.net
