Aceasta este comanda fuzztrane care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
fuzztran - Căutare modele în secvențele de proteine (tradus)
REZUMAT
fuzztran -secvenţă seqall -model model [-cadru listă] [-masa listă] -outfile raportează
fuzztran -Ajutor
DESCRIERE
fuzztran este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul (grupurile) de comandă „Nucleic:Motifs,Protein:Motifs”.
OPŢIUNI
Intrare secțiune
-secvenţă seqall
-model model
Sunt utilizate codurile standard de o literă IUPAC pentru aminoacizi. Simbolul „x” este
folosit pentru o poziție în care este acceptat orice aminoacid. Ambiguitățile sunt indicate prin
enumerarea aminoacizilor acceptabili pentru o anumită poziție, între paranteze pătrate „[
]'. De exemplu: [ALT] înseamnă Ala sau Leu sau Thr. Ambiguitățile sunt indicate și prin
enumerând între o pereche de paranteze „{ }” aminoacizii care nu sunt acceptați
la o pozitie gven. De exemplu: {AM} reprezintă orice aminoacid, cu excepția Ala și Met.
Fiecare element dintr-un model este separat de vecinul său printr-un „-”. (Opțional în
fuzztran) Repetarea unui element al modelului poate fi indicată urmând că
element cu o valoare numerică sau un interval numeric între paranteze. Exemple:
x(3) corespunde cu xxx, x(2,4) corespunde cu xx sau xxx sau xxxx. Când un
modelul este limitat fie la terminalul N- sau C-terminal al unei secvențe, acel model
fie începe cu simbolul „<”, fie, respectiv, se termină cu simbolul „>”. Se termină o perioadă
modelul. (Opțional în fuzztran). De exemplu, [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C
Suplimentar secțiune
-cadru listă
Valoare implicită: 1
-masa listă
producție secțiune
-outfile raportează
Utilizați fuzztrane online folosind serviciile onworks.net
