Aceasta este comanda gmx-anadock care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gmx-anadock - Structuri de cluster din rulările Autodock
REZUMAT
gmx anadock [-f [<.pdb>]] [-od [<.xvg>]] [-de [<.xvg>]] [-g [<.log>]]
[-xvg ] [-[nu]gratuit] [-[no]rms] [-a tăia calea ]
DESCRIERE
GMX anadock analizează rezultatele unei rulări Autodock și grupează structurile împreună,
bazat pe distanță sau RMSD. Sunt analizate estimările de energie de andocare și energie liberă și
pentru fiecare cluster sunt tipărite statisticile energetice.
O abordare alternativă a acestui lucru este să grupați structurile mai întâi folosind GMX grup și
apoi sortați clusterele fie pe cea mai scăzută energie, fie pe energie medie.
OPŢIUNI
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:
-f [<.pdb>] (eiwit.pdb)
Fișier banca de date proteine
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:
-od [<.xvg>] (adocked.xvg)
fișier xvgr/xmgr
-de [<.xvg>] (efree.xvg)
fișier xvgr/xmgr
-g [<.log>] (anadock.log)
Fișier jurnal
Alte opțiuni:
-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul
-[nu]gratuit (Nu)
Utilizați estimarea de energie gratuită de la autodock pentru sortarea claselor
-[no]rms (da)
Cluster pe RMS sau la distanță
-a tăia calea (0.2)
RMSD/distanță maximă pentru apartenența la același cluster
Utilizați gmx-anadock online folosind serviciile onworks.net
