gmx-bar - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-bar - Calculați estimările diferenței de energie liberă prin raportul de acceptare al lui Bennett

REZUMAT

bara gmx [-f [<.xvg> [...]]] [-g [<.edr> [...]]] [-o [<.xvg>]]
[-oi [<.xvg>]] [-Oh [<.xvg>]] [-[acum] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-temp ] [-prec ]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-nbin ] [-[nu]extp]

DESCRIERE

GMX bar calculează estimările diferenței de energie liberă prin raportul de acceptare al lui Bennett
metoda (BAR). De asemenea, adaugă automat serii de energii individuale libere obținute cu
BAR într-o estimare combinată de energie gratuită.

Fiecare diferență individuală de energie liberă BAR se bazează pe două simulări în stări diferite:
spuneți starea A și starea B, așa cum sunt controlate de un parametru, lambda (vezi .mdp parametru
init_lambda). Metoda BAR calculează un raport al mediei ponderate a hamiltonianului
diferența de stare B dată de starea A și invers. Energia diferă de celălalt
starea trebuie calculată explicit în timpul simulării. Acest lucru se poate face cu .mdp
opțiune lambda_străină.

Opțiunea de introducere -f așteaptă mai multe dhdl.xvg fișiere. Sunt acceptate două tipuri de fișiere de intrare:

· Fișiere cu mai multe y-valoare. Fișierele ar trebui să aibă coloane cu dH/dlambda și
Deltalambda. Valorile lambda sunt deduse din legende: lambda of the
simulare din legenda dH/dlambda și valorile lambda străine din
Legendele Deltei H

· Fișiere cu unul singur y-valoare. Folosind -extp opțiunea pentru aceste fișiere, se presupune
faptul că y-valoarea este dH/dlambda și că Hamiltonianul depinde liniar de lambda.
Valoarea lambda a simulării este dedusă din subtitrare (dacă este prezentă),
altfel dintr-un număr din subdirectorul din numele fișierului.

Lambda simulării este analizată din dhdl.xvg legenda fișierului care conține șirul
„dH”, valorile lambda străine din legenda care conține literele majuscule „D” și
„H”. Temperatura este analizată din linia de legendă care conține „T =”.

Opțiunea de intrare -g așteaptă mai multe .edr fișiere. Acestea pot conține fie liste de energie
diferențe (vezi .mdp opțiune fişier_dhdl_separat), sau o serie de histograme (vezi
.mdp Opțiuni dh_hist_size și dh_hist_spacing). Valorile temperaturii și lambda sunt
dedus automat din ener.edr fișier.

În plus față de .mdp opțiune lambda_străină, diferența de energie poate fi și
extrapolată din valorile dH/dlambda. Acest lucru se face cu opțiunea``-extp``, care
presupune că Hamiltonianul sistemului depinde liniar de lambda, ceea ce nu este în mod normal
cazul.

Estimările de energie liberă sunt determinate folosind BAR cu bisectie, cu precizia de
ieșirea setată cu -prec. O estimare a erorii ținând cont de corelațiile de timp este
realizat prin împărțirea datelor în blocuri și determinarea diferențelor de energie liberă peste
acele blocuri și presupunând că blocurile sunt independente. Estimarea finală a erorii este
determinată din varianța medie pe 5 blocuri. O serie de numere de bloc pentru erori
estimarea poate fi furnizată cu opțiuni -nbmin și -nbmax.

GMX bar încearcă să agregă mostre cu aceleași valori lambda „native” și „străine”, dar
presupune întotdeauna eșantioane independente. notițe că la agregarea energiei
diferențe/derivate cu diferite intervale de eșantionare, acest lucru aproape sigur nu este
corect. De obicei energiile ulterioare sunt corelate și înseamnă diferite intervale de timp
grade diferite de corelare între probe.

Rezultatele sunt împărțite în două părți: ultima parte conține rezultatele finale în kJ/mol,
împreună cu estimarea erorii pentru fiecare parte și totalul. Prima parte conține
estimări detaliate ale diferenței de energie liberă și măsuri de suprapunere a spațiului de fază în unități de kT
(împreună cu estimarea lor de eroare calculată). Valorile tipărite sunt:

· lam_A: valorile lambda pentru punctul A.

· lam_B: valorile lambda pentru punctul B.

· DG: estimarea energiei libere.

· s_A: o estimare a entropiei relative a lui B în A.

· s_B: o estimare a entropiei relative a lui A în B.

· stdev: o abatere standard estimată pe eșantion.

Entropia relativă a ambelor stări în ansamblul celeilalte poate fi interpretată ca a
măsura suprapunerii spațiului de fază: entropia relativă s_A a probelor de lucru ale lambda_B
în ansamblul lambda_A (și invers pentru s_B), este o măsură a „distanței”
între distribuțiile Boltzmann ale celor două stări, care merge la zero pentru identice
distribuţiile. Vezi Wu & Kofke, J. Chem. Fiz. 123 084109 (2005) pentru mai multe informații.

Estimarea abaterii standard așteptate per eșantion, așa cum este dată în originalul lui Bennett
Lucrarea BAR: Bennett, J. Comp. Fiz. 22, p. 245 (1976). Ec. 10 din acesta oferă o estimare a
calitatea eșantionării (nu direct a erorii statistice reale, deoarece presupune
mostre independente).

Pentru a obține o estimare vizuală a suprapunerii spațiului de fază, utilizați -Oh opțiunea de a scrie serii de
histogramele, împreună cu -nbin opțiune.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.xvg> [...]] (dhdl.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-g [<.edr> [...]] (ener.edr) (Opțional)
Dosar energetic

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-o [<.xvg>] (bar.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-oi [<.xvg>] (barint.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-Oh [<.xvg>] (histogram.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

Alte opțiuni:

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

-b (0)
Ora începe pentru BAR

-e (-1)
Ora de sfârșit pentru BAR

-temp (-1)
Temperatura (K)

-prec (2)
Numărul de cifre după virgulă zecimală

-nbmin (5)
Număr minim de blocuri pentru estimarea erorilor

-nbmax (5)
Numărul maxim de blocuri pentru estimarea erorilor

-nbin (100)
Numărul de casete pentru ieșirea histogramei

-[nu]extp (Nu)
Dacă se extrapolează liniar valorile dH/dl pentru a le utiliza ca energii

Utilizați gmx-bar online folosind serviciile onworks.net