gmx-bundle - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-bundle - Analizează pachete de axe, de exemplu, elice

REZUMAT

pachet gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xvg>]] [-od [<.xvg>]] [-oz [<.xvg>]]
[-bine [<.xvg>]] [-otr [<.xvg>]] [-otl [<.xvg>]]
[-Bine [<.xvg>]] [-okr [<.xvg>]] [-okl [<.xvg>]]
[-oa [<.pdb>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-tu ] [-xvg ] [creat ] [-[nu]z]

DESCRIERE

GMX pachet analizează mănunchiuri de axe. Axele pot fi, de exemplu, axe elicoidale. Programul
citește două grupuri de index și le împarte pe ambele în creat părți. Centrele de masă ale acestora
părțile definesc vârfurile și partea inferioară a axelor. Mai multe cantități sunt scrise în dosar:
lungimea axei, distanța și deplasarea în Z a punctelor medii ale axei în raport cu
centrul mediu al tuturor axelor, înclinarea totală, înclinarea radială și înclinarea laterală cu
faţă de axa medie.

Cu optiuni -Bine, -okr și -okl îndoirile totale, radiale și laterale ale axelor sunt
complotată. Este necesar un grup index suplimentar de atomi kink, care este, de asemenea, împărțit în creat
părți. Unghiul de îndoire este definit ca unghiul dintre partea superioară și cea de jos
vectori.

Cu opțiunea -oa partea de sus, la mijloc (sau îndoiți când -Bine este setat) iar punctele de jos ale fiecărei axe sunt
scris la a .pdb arhiva fiecare cadru. Numerele reziduurilor corespund numerelor axelor.
Când vizualizați acest fișier cu Rasmol, utilizați opțiunea de linie de comandă -nmrpdb, și tip set axă
adevărat pentru a afișa axa de referință.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structură+masă (db): TPR mare g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-ol [<.xvg>] (bun_len.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-od [<.xvg>] (bun_dist.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-oz [<.xvg>] (bun_z.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-bine [<.xvg>] (bun_tilt.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-otr [<.xvg>] (bun_tiltr.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-otl [<.xvg>] (bun_tiltl.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-Bine [<.xvg>] (bun_kink.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-okr [<.xvg>] (bun_kinkr.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-okl [<.xvg>] (bun_kinkl.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-oa [<.pdb>] (axe.pdb) (Opțional)
Fișier banca de date proteine

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)

-tu (ps)
Unitate pentru valorile timpului: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

creat (0)
Numărul de axe

-[nu]z (Nu)
Folosește z-axa ca referință în loc de axa medie

Utilizați gmx-bundle online folosind serviciile onworks.net