Aceasta este comanda gmx-check care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gmx-check - Verificați și comparați fișierele
REZUMAT
verificare gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-s1 [<.tpr>]]
[-s2 [<.tpr>]] [-c [<.tpr/.gro/...>]] [-e [<.edr>]]
[-e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]] [-m [<.tex>]] [-vdwfac ]
[-bonlo ] [-bonhi ] [-[no]rmsd] [-tol ]
[-abstol ] [-[nu]ab] [-lastener ]
DESCRIERE
GMX verifica citește o traiectorie (.tng, .trr or .xtc), un fișier energetic (.edr) sau un fișier index
(.ndx) și imprimă informații utile despre acestea.
Opțiune -c verifică prezența coordonatelor, vitezelor și casetei în fișier, pentru închidere
contacte (mai mici decât -vdwfac și nu legate, adică nu între -bonlo și -bonhi, toate
relativ la suma razelor Van der Waals) și a atomilor din afara cutiei (aceștia pot
apar des și nu reprezintă o problemă). Dacă sunt prezente viteze, va fi o temperatură estimată
fi calculat din ele.
Dacă este dat un fișier index, conținutul acestuia va fi rezumat.
Dacă atât o traiectorie cât și a .TPR sunt date fișiere (cu -s1) programul va verifica dacă
lungimile de legătură definite în fișierul tpr sunt într-adevăr corecte în traiectorie. Daca nu tu
poate avea fișiere care nu se potrivesc din cauza, de exemplu, deshuffling sau din cauza unor probleme cu site-urile virtuale.
Cu aceste steaguri, GMX verifica oferă o verificare rapidă pentru astfel de probleme.
Programul poate compara două intrări de rulare (.TPR) fișiere când ambele -s1 și -s2 sunt furnizate.
În mod similar, o pereche de fișiere de traiectorie pot fi comparate (folosind fișierul -f2 opțiune), sau o pereche de
fișiere energetice (folosind -e2 opțiune).
Pentru simulări de energie liberă, topologia stării A și B dintr-un fișier de intrare rulat poate fi
comparativ cu opțiunile -s1 și -ab.
În cazul în care -m flag este dat un fișier LaTeX va fi scris constând dintr-un contur brut
pentru o secțiune de metode pentru o lucrare.
OPŢIUNI
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opțional)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG
-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opțional)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG
-s1 [<.tpr>] (top1.tpr) (Opțional)
Fișier de intrare portabil xdr run
-s2 [<.tpr>] (top2.tpr) (Opțional)
Fișier de intrare portabil xdr run
-c [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opțional)
Structură+masă (db): TPR mare g96 pdb brk ent
-e [<.edr>] (ener.edr) (Opțional)
Dosar energetic
-e2 [<.edr>] (ener2.edr) (Opțional)
Dosar energetic
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:
-m [<.tex>] (doc.tex) (Opțional)
fișier LaTeX
Alte opțiuni:
-vdwfac (0.8)
Fracțiunea sumei razelor VdW utilizată ca limită de avertizare
-bonlo (0.4)
Min. fract. a sumei razelor VdW pentru atomii legați
-bonhi (0.7)
Max. fract. a sumei razelor VdW pentru atomii legați
-[no]rmsd (Nu)
Tipăriți RMSD pentru x, v și f
-tol (0.001)
Toleranță relativă pentru compararea valorilor reale definite ca 2*(ab)/(|a|+|b|)
-abstol (0.001)
Toleranță absolută, utilă când sumele sunt aproape de zero.
-[nu]ab (Nu)
Comparați topologia A și B dintr-un fișier
-lastener
Ultimul termen energetic de comparat (dacă nu este dat, toate sunt testate). Are sens să urcăm
până la Presiune.
Utilizați gmx-check online folosind serviciile onworks.net
