Aceasta este comanda gmx-confrms care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gmx-confrms - Potriviți două structuri și calculează RMSD
REZUMAT
gmx confrms [-f1 [<.tpr/.gro/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[-Nu [<.ndx>]] [-[acum] [-[nimeni] [-[nu]mw] [-[nu]pbc]
[-[nu]potrivit] [-[fara nume] [-[fara eticheta] [-[nu]bfac]
DESCRIERE
GMX confrms calculează abaterea pătratică medie (RMSD) a două structuri după
cele mai mici pătrate care se potrivesc celei de-a doua structuri pe prima. Cele două structuri NU
trebuie să aibă același număr de atomi, doar cele două grupuri de index utilizate pentru potrivire trebuie să
fi identic. Cu -Yam vor fi folosite numai numele atomilor care se potrivesc din grupurile selectate
pentru potrivirea și calculul RMSD. Acest lucru poate fi util atunci când se compară mutanții unei proteine.
Structurile suprapuse sunt scrise în fișier. Într-o .pdb dosar cele două structuri vor fi
scrise ca modele separate (utilizați rasmol -nmrpdb). De asemenea, într-o .pdb fișier, factori B calculati
din atomice valorile MSD pot fi scrise cu -bfac.
OPŢIUNI
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:
-f1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)
Structură+masă (db): TPR mare g96 pdb brk ent
-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp TPR
-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (Opțional)
Fișier index
-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (Opțional)
Fișier index
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:
-o [<.gro/.g96/...>] (fit.pdb)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp
-Nu [<.ndx>] (match.ndx) (Opțional)
Fișier index
Alte opțiuni:
-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere
-[nimeni (Nu)
Scrieți doar structura potrivită în fișier
-[nu]mw (da)
Montare ponderată în masă și RMSD
-[nu]pbc (Nu)
Încercați să faceți din nou molecule întregi
-[nu]potrivit (da)
Suprapunerea celor mai mici pătrate a structurii țintă la referință
-[fara nume (Nu)
Comparați numai numele atomilor care se potrivesc
-[fara eticheta (Nu)
S-au adăugat etichetele de lanț A pentru prima și B pentru a doua structură
-[nu]bfac (Nu)
Factori B de ieșire din valorile MSD atomice
Utilizați gmx-confrms online folosind serviciile onworks.net
