gmx-convert-tpr - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-convert-tpr - Creați un fișier de intrare run-input modificat

REZUMAT

gmx convert-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-extinde ]
[-pana cand ] [-npasi ] [-timp ]
[-[nu]zeroq] [-[roman] [-[nu]cont]
[-init_fep_state ]

DESCRIERE

GMX convert-tpr poate edita fișierele de intrare rulate în patru moduri.

1. prin modificarea numărului de pași dintr-un fișier de intrare rulat cu opțiuni -extinde, -pana cand or
-npasi (nsteps=-1 înseamnă un număr nelimitat de pași)

2. (învechit) prin crearea unui fișier de intrare de rulare pentru o rulare de continuare atunci când simularea dvs. a făcut-o
s-a prăbușit din cauza, de exemplu, a unui disc plin sau prin efectuarea unui fișier de intrare pentru continuarea rulării. Această opțiune
este învechit, deoarece mdrun acum scrie și citește fișierele puncte de control. notițe că un cadru cu
este nevoie de coordonate și viteze. Când presiunea și/sau temperatura Nose-Hoover
cuplajul este folosit un fișier de energie poate fi furnizat pentru a obține o continuare exactă a
rulare originală.

3. prin crearea unui fișier .tpx pentru un subset al fișierului original tpx, ceea ce este util atunci când
doriți să eliminați solventul din fișierul dvs. .tpx sau când doriți să faceți, de exemplu, un pur
Fișierul Calpha .tpx. Rețineți că poate fi necesar să utilizați -npasi -1 (sau similar) pentru a ajunge la asta
muncă. AVERTISMENT: acest .tpx fişier is nu complet funcțional.

4. prin setarea taxelor unui grup specificat la zero. Acest lucru este util atunci când faci gratuit
estimări de energie folosind metoda LIE (Linear Interaction Energy).

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fișier de intrare portabil xdr run

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (Opțional)
Traiectorie de precizie completă: trr cpt TNG

-e [<.edr>] (ener.edr) (Opțional)
Dosar energetic

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
Fișier de intrare portabil xdr run

Alte opțiuni:

-extinde (0)
Extindeți durata de execuție cu această sumă (ps)

-pana cand (0)
Extindeți durata de execuție până la această oră de încheiere (ps)

-npasi (0)
Schimbați numărul de pași

-timp (-1)
Continuați din cadru în acest moment (ps) în loc de ultimul cadru

-[nu]zeroq (Nu)
Setați taxele unui grup (din index) la zero

-[roman (da)
Necesită viteze din traiectorie

-[nu]cont (da)
Pentru continuarea exactă, constrângerile nu trebuie aplicate înainte de primul pas

-init_fep_state (0)
starea fep de la care să se inițialeze

Utilizați gmx-convert-tpr online folosind serviciile onworks.net