gmx-editconf - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-editconf - Convertește și manipulează fișierele de structură

REZUMAT

gmx editconf [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-bf [<.dat>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-mied [<.pqr>]] [-[acum]
[-[nu]ndef] [-bt ] [-cutie ]
[-unghiuri ] [-d ] [-[nu]c]
[-centru ] [-Aliniere la centru ]
[-alinia ] [-Traduceți ]
[-roti ] [-[nu]princ] [-scară ]
[-densitate ] [-[nu]pbc] [-resnr ] [-[nu] înțeleg]
[-rvdw ] [-[nu]sig56] [-[nu]vdwread] [-[nu]atom]
[-[fără]legendă] [-eticheta ] [-[nu]conect]

DESCRIERE

GMX editconf convertește formatul de structură generic în .gro, .g96 or .pdb.

Caseta poate fi modificată cu opțiuni -cutie, -d și -unghiuri. Amândoi -cutie și -d se va centra
sistemul din cutie, cu excepția cazului în care -noc este folosit.

Opțiune -bt determină tipul cutiei: triclinic este o cutie triclinica, cub este dreptunghiular
cutie cu toate laturile egale dodecaedru reprezintă un dodecaedru rombic şi octaedru is
un octaedru trunchiat. Ultimele două sunt cazuri speciale ale unei cutii triclinice. Lungimea de
cei trei vectori cutie ai octaedrului trunchiat este cea mai scurtă distanță dintre doi
hexagoane opuse. În raport cu o cutie cubică cu o anumită distanță periodică a imaginii, volumul
a unui dodecaedru cu aceeași distanță periodică este de 0.71 ori mai mare decât a cubului și
cea a unui octaedru trunchiat este de 0.77 ori.

Opțiune -cutie necesită o singură valoare pentru un dodecaedral cubic, rombic sau trunchiat
cutie octaedrică.

cu -d și triclinic caseta de dimensiunea sistemului din x-, y-, și z-directii este
folosit. Cu -d și cub, dodecaedru or octaedru casete, dimensiunile sunt setate la
diametrul sistemului (cea mai mare distanță dintre atomi) plus de două ori distanța specificată.

Opțiune -unghiuri are sens doar cu opțiunea -cutie și o cutie triclinică și nu poate fi folosită
cu optiune -d.

Cand -n or -ndef este setat, se poate selecta un grup pentru calcularea dimensiunii și
centru geometric, altfel se folosește întregul sistem.

-roti rotește coordonatele și vitezele.

-princ aliniază axele principale ale sistemului de-a lungul axelor de coordonate, cu cea mai lungă
axa aliniată cu x-axă. Acest lucru vă poate permite să reduceți volumul cutiei, dar aveți grijă
că moleculele se pot roti semnificativ într-o nanosecundă.

Scalare este aplicată înainte de efectuarea oricăreia dintre celelalte operații. Casete și coordonate
poate fi scalat pentru a da o anumită densitate (opțiune -densitate). Rețineți că acest lucru poate fi
inexacte în cazul a .gro fișierul este dat ca intrare. O caracteristică specială a opțiunii de scalare
este că atunci când factorul -1 este dat într-o dimensiune, se obține o imagine în oglindă, în oglindă
într-unul din avioane. Când se folosește -1 în trei dimensiuni, o imagine punct-oglindă este
obținut.

Grupurile sunt selectate după ce au fost aplicate toate operațiunile.

Periodicitatea poate fi eliminată într-un mod brut. Este important ca vectorii casetei de la
partea de jos a fișierului dvs. de intrare sunt corecte atunci când periodicitatea urmează să fie eliminată.

Când scrii .pdb fișiere, factorii B pot fi adăugați cu -bf opțiune. Se citesc factorii B
dintr-un fișier cu următorul format: prima linie indică numărul de intrări din fișier,
rândurile următoare indică un indice urmat de un factor B. Factorii B vor fi atașați per
reziduu, cu excepția cazului în care un indice este mai mare decât numărul de reziduuri sau dacă nu -atom opțiune
este setat. Evident, orice tip de date numerice pot fi adăugate în locul factorilor B. -legendă
va produce un rând de atomi CA cu factori B variind de la minim la maxim
valoare găsită, creând efectiv o legendă pentru vizionare.

Cu optiunea -mied un special .pdb (.pqr) pentru programul de electrostatică MEAD
(Solutorul Poisson-Boltzmann) poate fi realizat. O altă condiție prealabilă este ca fișierul de intrare să fie a
rulați fișierul de intrare. Câmpul factorului B este apoi umplut cu raza Van der Waals a
atomi în timp ce câmpul de ocupare va menține sarcina.

Optiunea -înţelege este similar, dar pune sarcinile în factorul B și raza înăuntru
ocuparea.

Opțiune -alinia permite alinierea axei principale a unui grup specificat față de
vector dat, cu un centru de rotație opțional specificat de -Aliniere la centru.

In sfarsit, cu optiune -eticheta, editconf poate adăuga un identificator de lanț la a .pdb dosar, care poate
fi util pentru analize cu de exemplu Rasmol.

Pentru a converti un fișier octraedru trunchiat produs de un pachet care utilizează o cutie cubică cu
colțurile tăiate (cum ar fi GROMOS), utilizați:

gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out

Unde veclen este mărimea cutiei cubice ori sqrt(3)/2.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp TPR

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

-bf [<.dat>] (bfact.dat) (Opțional)
Fișier de date generice

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro) (Opțional)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp

-mied [<.pqr>] (mead.pqr) (Opțional)
Fișier de coordonate pentru MEAD

Alte opțiuni:

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere

-[nu]ndef (Nu)
Alegeți ieșirea din grupurile de indici implicite

-bt (triclinică)
Tip cutie pt -cutie și -d: triclinic, cubic, dodecaedru, octaedru

-cutie (0 0 0)
Lungimile vectorului cutie (a,b,c)

-unghiuri (90 90 90)
Unghiuri dintre vectorii casetei (bc,ac,ab)

-d (0)
Distanța dintre solut și cutie

-[nu]c (Nu)
Molecula centrală în cutie (implicit de -cutie și -d)

-centru (0 0 0)
Coordonatele centrului geometric

-Aliniere la centru (0 0 0)
Centru de rotație pentru aliniere

-alinia (0 0 0)
Aliniați la vectorul țintă

-Traduceți (0 0 0)
Traducere

-roti (0 0 0)
Rotire în jurul axelor X, Y și Z în grade

-[nu]princ (Nu)
Orientați moleculele de-a lungul axelor lor principale

-scară (1 1 1)
Factorul de scalare

-densitate (1000)
Densitatea (g/L) a casetei de ieșire realizată prin scalare

-[nu]pbc (Nu)
Eliminați periodicitatea (faceți molecula întreagă din nou)

-resnr (-1)
Renumerotați reziduurile începând de la resnr

-[nu] înțeleg (Nu)
Stocați sarcina atomului în câmpul factorului B și raza atomului în
câmpul de ocupare

-rvdw (0.12)
Raza Van der Waals implicită (în nm) dacă nu poate fi găsită în baza de date sau dacă
nu sunt prezenți parametri în fișierul de topologie

-[nu]sig56 (Nu)
Utilizați rmin/2 (minimum în potențialul Van der Waals) mai degrabă decât sigma/2

-[nu]vdwread (Nu)
Citiți razele Van der Waals din dosar vdwradii.dat mai degrabă decât să calculeze
razele bazate pe câmpul de forță

-[nu]atom (Nu)
Forța de atașare a factorului B pe atom

-[fără]legendă (Nu)
Faceți legendă a factorului B

-eticheta (A)
Adăugați eticheta lanțului pentru toate reziduurile

-[nu]conect (Nu)
Adăugați înregistrări CONECT la a .pdb fișier când este scris. Se poate face numai atunci când există o topologie
prezenta

CUNOSCUT PROBLEME

· Pentru moleculele complexe, rutina de eliminare a periodicității se poate defecta, în acest caz dumneavoastră
se poate utiliza GMX trjconv.

Utilizați gmx-editconf online folosind serviciile onworks.net