gmx-grompp - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-grompp - Creați un fișier de intrare de rulare

REZUMAT

gmx grompp [-f [<.mdp>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-r [<.gro/.g96/...>]]
[-rb [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-p [<.top>]]
[-t [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-ref [<.trr/.cpt/...>]] [-po [<.mdp>]] [-pp [<.top>]]
[-o [<.tpr>]] [-imd [<.gro>]] [-[nu]v] [-timp ]
[-[no]rmvsbds] [-maxwarn ] [-[nu]zero] [-[nu]renum]

DESCRIERE

GMX grompp (preprocesorul Gromacs) citește un fișier de topologie moleculară, verifică validitatea
a fișierului, extinde topologia de la o descriere moleculară la o descriere atomică.
Fișierul de topologie conține informații despre tipurile de molecule și numărul de molecule,
preprocesorul copiază fiecare moleculă după cum este necesar. Nu există limitare a numărului de
tipuri de molecule. Legăturile și unghiurile de legătură pot fi convertite în constrângeri, separat pentru
hidrogeni și atomi grei. Apoi este citit un fișier de coordonate și pot fi generate viteze
dintr-o distribuție Maxwelliană dacă se solicită. GMX grompp citește și parametrii pentru GMX
mdrun (de exemplu, numărul de pași MD, pasul de timp, cut-off) și altele, cum ar fi parametrii NEMD,
care sunt corectate astfel încât accelerația netă să fie zero. În cele din urmă, un fișier binar este
produs care poate servi ca unic fișier de intrare pentru programul MD.

GMX grompp folosește numele atomilor din fișierul de topologie. Numele atomilor în coordonate
fișier (opțiune -c) sunt citite doar pentru a genera avertismente atunci când nu se potrivesc cu numele atomilor
în topologie. Rețineți că numele atomilor sunt irelevante pentru simulare, deoarece numai
tipurile de atom sunt utilizate pentru generarea parametrilor de interacțiune.

GMX grompp folosește un preprocesor încorporat pentru a rezolva include, macrocomenzi etc. Preprocesorul
acceptă următoarele cuvinte cheie:

#ifdef VARIABILĂ
#ifndef VARIABIL
#altfel
#endif
#definiți VARIABILĂ
#undef VARIABIL
#include „nume fișier”
#include

Funcționarea acestor instrucțiuni în topologia dumneavoastră poate fi modulată prin utilizarea
urmând două steaguri în dvs .mdp fișier:

define = -VARIABIL1 -VARIABIL2
include = -I/home/john/doe

Pentru mai multe informații, un manual de programare C vă poate ajuta. Specificând -pp
flag va primi fișierul de topologie preprocesat scris astfel încât să îl puteți verifica
cuprins.

Când se utilizează restricții de poziție, poate fi furnizat un fișier cu coordonatele de restricție -r,
în caz contrar se va face reţinere cu privire la conformaţia din -c opțiune.
Pentru calcularea energiei libere, coordonatele pentru topologia B pot fi furnizate
-rb, altfel vor fi egale cu cele ale topologiei A.

Coordonatele de pornire pot fi citite din traiectorie cu -t. Ultimul cadru cu coordonatele
iar vitezele vor fi citite, cu excepția cazului în care -timp este folosită opțiunea. Doar dacă această informație este
absent va coordonatele din -c fișierul să fie utilizat. Rețineți că aceste viteze nu vor
să fie folosit când gen_vel = da în ta .mdp fişier. Se poate furniza un dosar energetic -e la
citiți variabilele de cuplare Nose-Hoover și/sau Parrinello-Rahman.

GMX grompp poate fi folosit pentru a reporni simulările (păstrând continuitatea) furnizând doar a
fișier punct de control cu -t. Cu toate acestea, pentru simpla modificare a numărului de pași de rulare pentru a extinde a
alerga, folosind GMX convert-tpr este mai convenabil decât GMX grompp. Apoi furnizați vechiul
fișierul punct de control direct către GMX mdrun cu -cpi. Dacă doriți să schimbați ansamblul sau
lucruri precum frecvența de ieșire, apoi furnizarea fișierului punct de control către GMX grompp cu -t
împreună cu un nou .mdp fișier cu -f este procedura recomandată. De fapt, păstrând
ansamblu (dacă este posibil) necesită totuși trecerea fișierului punct de control către GMX mdrun -cpi.

În mod implicit, toate interacțiunile legate care au energie constantă datorită site-ului virtual
construcțiile vor fi îndepărtate. Dacă această energie constantă nu este zero, aceasta va avea ca rezultat a
schimbarea energiei totale. Toate interacțiunile legate pot fi păstrate prin oprire -rmvsbds.
În plus, toate constrângerile pentru distanțe care vor fi oricum constante din cauza
construcțiile de site virtual vor fi eliminate. Dacă rămân constrângeri care implică
site-uri virtuale, va rezulta o eroare fatală.

Pentru a verifica fișierul de intrare al rulării, vă rugăm să luați notă de toate avertismentele de pe ecran și să corectați
acolo unde este necesar. Priviți, de asemenea, conținutul mdout.mdp fişier; aceasta contine comentariu
linii, precum și intrarea care GMX grompp a citit. Dacă aveți îndoieli, puteți începe GMX
grompp cu - depanare opțiune care vă va oferi mai multe informații într-un fișier numit
grompp.log (împreună cu informații reale de depanare). Puteți vedea conținutul fișierului de intrare rulat
cu GMX descărca programul. GMX verifica poate fi folosit pentru a compara conținutul a două intrări de rulare
fișiere.

-maxwarn opțiunea poate fi folosită pentru a anula avertismentele tipărite de GMX grompp că altfel
opri ieșirea. În unele cazuri, avertismentele sunt inofensive, dar de obicei nu sunt. Utilizatorul este
sfătuiți să interpretați cu atenție mesajele de ieșire înainte de a încerca să le ocoliți
această opțiune.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.mdp>] (grompp.mdp)
fișier de intrare grompp cu parametrii MD

-c [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp TPR

-r [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Opțional)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp TPR

-rb [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Opțional)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp TPR

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

-p [<.top>] (topol.top)
Fișier de topologie

-t [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (Opțional)
Traiectorie de precizie completă: trr cpt TNG

-e [<.edr>] (ener.edr) (Opțional)
Dosar energetic

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare/ieșire:

-ref [<.trr/.cpt/...>] (rotref.trr) (Opțional)
Traiectorie de precizie completă: trr cpt TNG

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-po [<.mdp>] (mdout.mdp)
fișier de intrare grompp cu parametrii MD

-pp [<.top>] (processat.top) (Opțional)
Fișier de topologie

-o [<.tpr>] (topol.tpr)
Fișier de intrare portabil xdr run

-imd [<.gro>] (imdgroup.gro) (Opțional)
Fișier de coordonate în format Gromos-87

Alte opțiuni:

-[nu]v (Nu)
Fii tare și zgomotos

-timp (-1)
Luați cadru la sau mai întâi după această oră.

-[no]rmvsbds (da)
Eliminați interacțiunile constante legate de site-uri virtuale

-maxwarn (0)
Numărul de avertismente permise în timpul procesării intrării. Nu este pentru utilizare normală și poate
generează sisteme instabile

-[nu]zero (Nu)
Setați parametrii pentru interacțiunile legate fără valori implicite la zero în loc de
generând o eroare

-[nu]renum (da)
Renumerotați atomtipurile și minimizați numărul de atomtipuri

Utilizați gmx-grompp online folosind serviciile onworks.net