gmx-helix - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-helix - Calculați proprietățile de bază ale elicelor alfa

REZUMAT

gmx helix [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[acum] [-r0 ] [-[nu]q] [-[nu]F]
[-[nu]db] [-[nu]ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]

DESCRIERE

GMX spirală calculează toate tipurile de proprietăți ale helixului. În primul rând, peptida este verificată pentru a găsi
cea mai lungă parte elicoidală, determinată de legăturile de hidrogen și unghiurile phi/psi. Acel bit este
montat pe o spirală ideală în jurul z-axa si centrata in jurul originii. Apoi
sunt calculate următoarele proprietăți:

· Raza helixului (fișier raza.xvg). Aceasta este doar abaterea RMS în două dimensiuni
pentru toți atomii de calfa. se calculează ca sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i))))/N) unde N este
numărul de atomi de coloană vertebrală. Pentru o spirală ideală, raza este de 0.23 nm.

· Răsuciți (fișier răsucire.xvg). Se calculează unghiul elicoidal mediu pe reziduu. Pentru un
alfa-helix este de 100 de grade, pentru 3-10 elice va fi mai mic, iar pentru 5 elice
va fi mai mare.

· Creștere pe reziduu (fișier ridică.xvg). Creșterea elicoidală pe reziduu este reprezentată grafic ca
diferență în z-coordonata intre atomii de calfa. Pentru o spirală ideală, aceasta este 0.15 nm.

· Lungimea totală a spiralei (fișier len-ahx.xvg). Lungimea totală a helixului în nm. Aceasta este
pur și simplu creșterea medie (vezi mai sus) înmulțită cu numărul de reziduuri elicoidale (vezi mai jos).

· Helix dipol, numai coloana vertebrală (fișier dip-ahx.xvg).

· Abaterea RMS de la helixul ideal, calculată numai pentru atomii Calpha (fișier
rms-ahx.xvg).

· Average Calpha - Unghiul diedric Calpha (fișier phi-ahx.xvg).

· Unghiurile medii phi și psi (fișier phipsi.xvg).

· Elipticitate la 222 nm conform Hirst și Brooks.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fișier de intrare portabil xdr run

-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fișier index

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere

-r0 (1)
Primul număr de reziduuri din succesiune

-[nu]q (Nu)
Verificați la fiecare pas care parte a secvenței este elicoidală

-[nu]F (da)
Comutați potrivirea la o spirală perfectă

-[nu]db (Nu)
info print depanare

-[nu]ev (Nu)
Scrieți un nou fișier de „traiectorie” pentru ED

-ahxstart (0)
Primul reziduu în helix

-ahxend (0)
Ultimul reziduu în helix

Utilizați gmx-helix online folosind serviciile onworks.net