Aceasta este comanda gmx-nmtraj care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gmx-nmtraj - Generați o traiectorie oscilantă virtuală dintr-un vector propriu
REZUMAT
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-eignr ]
[-faze ] [-temp ] [-amplitudine ]
[-nframes ]
DESCRIERE
GMX nmtraj generează o traiectorie virtuală dintr-un vector propriu, corespunzător lui a
oscilaţie carteziană armonică în jurul structurii medii. Vectorii proprii ar trebui
în mod normal, să fie ponderate în masă, dar puteți utiliza vectori proprii neponderați pentru a genera
mișcări ortogonale. Cadrele de ieșire sunt scrise ca un fișier de traiectorie care acoperă un întreg
perioada, iar primul cadru este structura medie. Dacă scrieți traiectoria în (sau
convertiți în) format PDB îl puteți vizualiza direct în PyMol și, de asemenea, puteți reda o imagine fotorealistă
film. Amplitudinile mișcării sunt calculate din valorile proprii și o temperatură prestabilită,
presupunând echipartiția energiei pe toate modurile. Pentru a face mișcarea clar vizibilă în
PyMol poate doriți să-l amplificați setând o temperatură nerealist de ridicată.
Cu toate acestea, rețineți că atât deplasările liniare carteziene, cât și ponderarea masei vor fi
duce la deformarea gravă a structurii pentru amplitudini mari - aceasta este pur și simplu o limitare
a modelului cartezian în modul normal. În mod implicit, vectorul propriu selectat este setat la 7, deoarece
primele șase moduri normale sunt gradele de libertate de translație și rotație.
OPŢIUNI
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structură+masă (db): TPR mare g96 pdb brk ent
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Traiectorie de precizie completă: trr cpt TNG
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
Traiectorie: extaz trr mare g96 pdb TNG
Alte opțiuni:
-eignr (7)
Șir de vectori proprii de utilizat (primul este 1)
-faze (0.0)
Șir de faze (implicit este 0.0)
-temp (300)
Temperatura (K)
-amplitudine (0.25)
Amplitudine pentru moduri cu valoare proprie<=0
-nframes (30)
Numărul de cadre de generat
Utilizați gmx-nmtraj online folosind serviciile onworks.net
