gmx-rotacf - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-rotacf - Calculați funcția de corelație rotațională pentru molecule

REZUMAT

gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[acum] [-xvg ] [-[da din cap] [-[nu]aver]
[-aflen ] [-[nu]normalizeze] [-P ]
[-fitfn ] [-beginfit ] [-endfit ]

DESCRIERE

GMX rotacf calculează funcția de corelație rotațională pentru molecule. Tripleți de atomi
(i,j,k) trebuie dat în fișierul index, definind doi vectori ij ​​și jk. Rotația
ACF este calculată ca funcție de autocorelare a vectorului n = ij x jk, adică the
produsul încrucișat al celor doi vectori. Deoarece trei atomi se întind pe un plan, de ordinul celor trei
atomii nu contează. Opțional, prin invocarea -d comutator, puteți calcula
funcția de corelație rotațională pentru molecule liniare prin specificarea perechilor de atomi (i,j) în
fișier index.

EXEMPLE

GMX rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n index -o rotacf-x-P1 -fa expfit-x-P1 -beginfit 2.5
-endfit 20.0

Aceasta va calcula funcția de corelație rotațională folosind un Legendre de ordinul întâi
polinom al unghiului unui vector definit de fișierul index. Funcția de corelare
va fi montat de la 2.5 ps până la 20.0 ps la un exponențial cu doi parametri.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fișier de intrare portabil xdr run

-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fișier index

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
fișier xvgr/xmgr

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

-[da din cap (Nu)
Utilizați dublete index (vectori) pentru funcția de corelare în loc de triplete (plane)

-[nu]aver (da)
Medie peste molecule

-aflen (-1)
Lungimea ACF-ului, implicit este jumătate din numărul de cadre

-[nu]normalizeze (da)
Normalizați ACF

-P (0)
Ordinea polinomului Legendre pentru ACF (0 indică niciunul): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Nici unul)
Funcția Fit: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-beginfit (0)
Momentul în care se începe potrivirea exponențială a funcției de corelare

-endfit (-1)
Timpul în care se încheie potrivirea exponențială a funcției de corelare, -1 este până la
capăt

Utilizați gmx-rotacf online folosind serviciile onworks.net