gmx-trjconv - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-trjconv - Convertește și manipulează fișierele de traiectorie

REZUMAT

gmx trjconv [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-fr [<.ndx>]] [-sub [<.ndx>]] [-cădere brusca [<.xvg>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-b ] [-e ]
[-tu ] [-[acum] [-xvg ] [-ocolire ]
[-dt ] [-[nu]rotunde] [- haldă ] [-t0 ]
[-pas de timp ] [-pbc ] [-noi ]
[-[fără]centru] [-boxcenter ] [-cutie ]
[-trad ] [-schimb ] [-potrivi ]
[-ndec ] [-[roman] [-[fără]forță] [-trunc ]
[-exec ] [-Despică ] [-[nu]sept]
[-zero ] [-dropunder ] [- dropover ]
[-[nu]conect]

DESCRIERE

GMX trjconv poate converti fișierele de traiectorie în mai multe moduri:

· de la un format la altul

· selectați un subset de atomi

· modificarea reprezentării periodicităţii

· menține împreună moleculele multimerice

· atomii centrați în cutie

· potrivi atomii la structura de referință

· reduceți numărul de cadre

· modificați marcajele de timp ale cadrelor (-t0 și -pas de timp)

· tăiați traiectoria în subtraiectorii mici în funcție de informațiile dintr-un fișier index.
Acest lucru permite analiza ulterioară a subtrajectorilor care ar putea, de exemplu, să fie
rezultatul unei analize de cluster. Utilizați opțiunea -sub. Aceasta presupune că intrările din
fișierul index sunt numere de cadre și transferă fiecare grup din fișierul index într-un separat
dosar de traiectorie.

· selectați cadre într-un anumit interval al unei cantități date într-un .xvg fișier.

GMX trjcat este mai potrivit pentru concatenarea mai multor fișiere de traiectorie.

Următoarele formate sunt acceptate pentru intrare și ieșire: .xtc, .trr, .gro, .g96 și .pdb.
Formatele de fișiere sunt detectate din extensia fișierului. Precizia de .xtc și .gro
ieșirea este preluată din fișierul de intrare pentru .xtc, .gro și .pdb, și din -ndec opțiune pentru
alte formate de intrare. Precizia este luată întotdeauna din -ndec, când această opțiune este setată.
Toate celelalte formate au precizie fixă. .trr ieșirea poate fi de precizie simplă sau dublă,
in functie de precizia GMX trjconv binar. Rețineți că vitezele sunt numai
sprijinit in .trr, .gro și .g96 fișiere.

Opțiune -sept poate fi folosit pentru a scrie fiecare cadru separat .gro, .g96 or .pdb fişier. De
implicit, toate cadrele sunt scrise într-un singur fișier. .pdb fișierele cu toate cadrele concatenate pot
fi privit cu rasmol -nmrpdb.

Este posibil să selectați o parte din traiectorie și să o scrieți într-un nou fișier de traiectorie
pentru a economisi spațiu pe disc, de exemplu pentru a lăsa afară apa dintr-o traiectorie a unei proteine
in apa. ÎNTOTDEAUNA pune traiectoria originală pe bandă! Vă recomandăm să utilizați portabilul
.xtc format pentru analiză pentru a economisi spațiu pe disc și pentru a avea fișiere portabile.

Există două opțiuni pentru a potrivi traiectoria la o referință, fie pentru esențial
analiza dinamicii, etc. Prima opțiune se potrivește pur și simplu unei structuri de referință
în fișierul de structură. A doua opțiune este o potrivire progresivă în care primul interval de timp
se potrivește structurii de referință din fișierul de structură de obținut și fiecare ulterior
intervalul de timp este adaptat structurii montate anterior. În acest fel o traiectorie continuă
este generat, ceea ce s-ar putea să nu fie cazul când se utilizează metoda de potrivire obișnuită, de exemplu când
proteina dumneavoastră suferă tranziții conformaționale mari.

Opțiune -pbc stabilește tipul de tratament periodic al condiției la limită:

· mol pune centrul de masă al moleculelor în casetă și necesită un fișier de intrare pentru rulare
fi furnizat cu -s.

· res pune centrul de masă al reziduurilor în cutie.

· atom pune toți atomii în cutie.

· nojump verifică dacă atomii sar peste cutie și apoi îi pune înapoi. Aceasta are
efectul că toate moleculele vor rămâne întregi (cu condiția să fie întregi la început
conformaţie). notițe că aceasta asigură o traiectorie continuă dar moleculele pot
difuză din cutie. Configurația de pornire pentru această procedură este preluată din
fișierul de structură, dacă este furnizat unul, în caz contrar este primul cadru.

· grup grupează toți atomii din indexul selectat astfel încât toți să fie cel mai aproape
la centrul de masă al clusterului, care este actualizat iterativ. notițe că aceasta
va da rezultate semnificative doar dacă aveți de fapt un cluster. Din fericire, asta poate fi
verificat ulterior folosind un vizualizator de traiectorie. Rețineți, de asemenea, că dacă moleculele dvs. sunt
rupt nici asta nu va funcționa.

Opțiunea separată -clustercenter poate fi folosit pentru a specifica un centru aproximativ pentru
clusterul. Acest lucru este util, de exemplu, dacă aveți două vezicule mari și doriți
își mențin pozițiile relative.

· întreg face doar moleculele rupte întregi.

Opțiune -noi setează reprezentarea celulei unitare pentru opțiuni mol, res și atom of -pbc. Toate
trei opțiuni dau rezultate diferite pentru cutiile triclinice și rezultate identice pentru
cutii dreptunghiulare. RECT este forma obișnuită de cărămidă. Tric este celula unitară triclinică.
compact pune toți atomii la cea mai apropiată distanță de centrul cutiei. Acesta poate fi
util pentru vizualizarea de ex. octaedre trunchiate sau dodecaedre rombice. Centrul pentru
Opțiuni Tric și compact is Tric (vezi mai jos), cu excepția cazului în care opțiunea -boxcenter este setat
diferit.

Opțiune -centru centrează sistemul în casetă. Utilizatorul poate selecta grupul care este utilizat
pentru a determina centrul geometric. Opțiune -boxcenter stabilește locația centrului
caseta pentru opțiuni -pbc și -centru. Opțiunile de centru sunt: Tric: jumătate din suma celor
vectori cutie, RECT: jumătate din diagonala cutiei, zero: zero. Utilizați opțiunea -pbc mol în plus,
la -centru când vrei toate moleculele în cutie după centrare.

Opțiune -cutie stabilește dimensiunea noii casete. Această opțiune funcționează numai pentru dimensiunile principale
și, prin urmare, este util în general numai pentru cutiile dreptunghiulare. Dacă doriți să modificați doar câteva
a dimensiunilor, de exemplu, când citiți dintr-o traiectorie, puteți utiliza -1 pentru acestea
dimensiuni care ar trebui să rămână aceleași Nu este întotdeauna posibilă utilizarea combinațiilor de
-pbc, -potrivi, -noi și -centru să faci exact ce vrei într-un singur apel către GMX trjconv.
Luați în considerare utilizarea mai multor apeluri și consultați site-ul web GROMACS pentru sugestii.

cu -dt, este posibil să se reducă numărul de cadre din ieșire. Această opțiune se bazează
privind acuratețea timpilor din traiectoria de intrare, deci dacă acestea sunt inexacte, utilizați
-pas de timp opțiunea de modificare a orei (acest lucru se poate face simultan). Pentru a face netedă
filme, programul GMX filtru poate reduce numărul de cadre în timp ce utilizați low-pass
filtrarea în frecvență, aceasta reduce aliasarea mișcărilor de înaltă frecvență.

Utilizarea -trunc GMX trjconv se poate trunchia .trr pe loc, adică fără a copia fișierul. Acest
este util atunci când o rulare s-a prăbușit în timpul I/O pe disc (adică disc plin) sau când două sunt învecinate
traiectoriile trebuie concatenate fără a avea cadre duble.

Opțiune - haldă poate fi folosit pentru a extrage un cadru la sau aproape de un anumit moment de la dvs
traiectorie, dar funcționează în mod fiabil numai dacă intervalul de timp dintre cadre este uniform.

Opțiune -cădere brusca citește un .xvg fișier cu timpi și valori. Când opțiuni -dropunder şi / sau
- dropover sunt setate, cadre cu o valoare sub și peste valoarea opțiunilor respective
nu va fi scris.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opțional)
Structură+masă (db): TPR mare g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

-fr [<.ndx>] (frames.ndx) (Opțional)
Fișier index

-sub [<.ndx>] (cluster.ndx) (Opțional)
Fișier index

-cădere brusca [<.xvg>] (drop.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-o [<.xtc/.trr/...>] (trajout.xtc)
Traiectorie: extaz trr mare g96 pdb TNG

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-tu (ps)
Unitate pentru valorile timpului: fs, ps, ns, us, ms, s

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

-ocolire (1)
Scrieți numai fiecare nr-al-lea cadru

-dt (0)
Scrieți cadru numai când t MOD dt = prima dată (ps)

-[nu]rotunde (Nu)
Rotunjiți măsurătorile la cea mai apropiată picosecundă

- haldă (-1)
Cadrul de descărcare cel mai apropiat timp specificat (ps)

-t0 (0)
Ora de începere (ps) (implicit: a nu se modifica)

-pas de timp (0)
Schimbați pasul de timp între cadrele de intrare (ps)

-pbc (Nici unul)
Tratament PBC (a se vedea textul de ajutor pentru descrierea completă): none, mol, res, atom, nojump,
cluster, întreg

-noi (drept)
Reprezentarea celulelor unitare: rect, tric, compact

-[fără]centru (Nu)
Centrați atomii în cutie

-boxcenter (tric)
Centrul pentru -pbc și -center: tric, rect, zero

-cutie (0 0 0)
Dimensiune pentru cutia cubică nouă (implicit: citiți din intrare)

-trad (0 0 0)
Toate coordonatele vor fi traduse prin trans. Acest lucru poate fi combinat în mod avantajos
cu -pbc mol -ur compact.

-schimb (0 0 0)
Toate coordonatele vor fi deplasate prin framenr*shift

-potrivi (Nici unul)
Potriviți moleculă la structura de referință din fișierul de structură: niciunul, rot+trans,
rotxy+transxy, traducere, transxy, progresiv

-ndec (3)
Precizie pentru scrierea .xtc și .gro în număr de zecimale

-[roman (da)
Citiți și scrieți viteze dacă este posibil

-[fără]forță (Nu)
Citiți și scrieți forțele dacă este posibil

-trunc (-1)
Trunchiați fișierul traiectorie de intrare după acest timp (ps)

-exec
Executați comanda pentru fiecare cadru de ieșire cu numărul cadrului ca argument

-Despică (0)
Începeți să scrieți un fișier nou când t MOD split = prima dată (ps)

-[nu]sept (Nu)
Scrieți fiecare cadru într-un fișier separat .gro, .g96 sau .pdb

-zero (0)
Dacă este setat indicatorul -sep, utilizați aceste multe cifre pentru numerele fișierelor și adăugați înainte
zerouri după cum este necesar

-dropunder (0)
Aruncă toate cadrele sub această valoare

- dropover (0)
Aruncă toate cadrele peste această valoare

-[nu]conect (Nu)
Adăugați înregistrări de conect când scrieți .pdb fișiere. Util pentru vizualizarea
molecule nestandard, de exemplu cele cu granulație grosieră

Utilizați gmx-trjconv online folosind serviciile onworks.net