go2fmtp - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - instrument de conversie și pachetele sale

REZUMAT

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologie/*.ontologie
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/gene_ontology.obo

DESCRIERE

parsează orice fișier ontologie în stil GO/OBO și scrie într-un format diferit

ARGUMENTE
-e ERRFILE

scrie erori de analizare în XML - implicit STDERR (nu ar trebui să existe erori de analiză în bine
fișiere formate)

-p FORMAT

determină ce parser să folosească; dacă este lăsat nespecificat, va face o ghicire bazată pe fișier
sufix. Vezi mai jos pentru formate

-w|scriitor FORMAT

format pentru ieșire - vezi mai jos pentru listă

-|xslt XSLT

Numele sau numele de fișier al unei transformări XSLT

Aceasta poate fi fie o cale absolută către un fișier oriunde în sistemul de fișiere, fie poate doar
fie numele xslt; de exemplu

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Dacă numele este specificat, atunci în primul rând va fi căutat $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl; dacă
GO_ROOT nu este setat, atunci directorul modulelor perl în care este instalat GO va fi căutat (
xslts va fi instalat aici automat dacă urmați procesul normal de instalare)

-use_cache
Dacă acest comutator este specificat, atunci modul de stocare în cache este activat.

Cu modul de stocare în cache, prima dată când analizați un fișier, va fi un fișier suplimentar
exportate într-un format special care este rapid de analizat. Acest fișier va avea același nume de fișier
ca fișierul original, cu excepția faptului că va avea sufixul „.cache”.

Data viitoare când analizați fișierul, acest program va verifica automat existența
a fișierului „.cache”. Dacă există și este mai recent decât fișierul specificat, acesta
este analizat în schimb. Dacă nu există, se reconstruiește.

Acest lucru va aduce o îmbunătățire a vitezei pentru b dintre formatele de ieșire de mai jos (cum ar fi
lista de căi). Majoritatea formatelor de ieșire funcționează cu analizarea bazată pe evenimente, așa că aducerea în cache a obiectului
niciun beneficiu și, de fapt, va fi mai lent decât ocolirea memoriei cache

FORMATE
formatele inscriptibile sunt

go_ont
Fișiere cu sufixul „.ontologie”

Acestea stochează DAG-urile ontologiei

go_def
Fișiere cu sufixul „.defs”

go_xref
Referințe externe de baze de date pentru termenii GO

Fișiere cu sufixul „2go” (de ex. ec2go, metacyc2go)

go_asoc
Adnotări ale genelor sau ale produselor genetice folosind GO

Fișiere cu prefixul „gene-association”.

obo_text
Fișiere cu sufixul „.obo”

Acesta este un nou format de fișier înlocuitor pentru formatele de fișiere plate GO existente. Aceasta
se ocupă de ontologii, definiții și xref-uri (dar nu și asociații)

obo_xml
Fișiere cu sufixul „.obo.xml” sau „.obo-xml”

Aceasta este versiunea XML a formatului de fișier plat OBO de mai sus

prolog
fapte prolog - veți avea nevoie de un compilator/interpret de prolog pentru a le folosi. Poti
raționați aceste fapte folosind Obol sau viitorul proiect Bio-LP

tbl reprezentare tabelară simplă (cu pierderi).

rezumat
poate fi folosit atât pe fișierele ontologiei, cât și pe fișierele de asociere

lista de căi
arată toate căile către rădăcină

format bufniță OWL (implicit: OWL-DL)

OWL este un format standard W3C pentru ontologii

Veți avea nevoie de fișierele XSL din distribuția completă go-dev pentru a rula acest lucru; vezi XML
secțiune înhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
o reprezentare YAML a unui obiect GO::Model::Graph

obj_storable
O descărcare a obiectului perl GO::Model::Graph. Pentru aceasta, aveți nevoie de stocare din CPAN
muncă. Acesta este destinat să memoreze în cache obiectele din sistemul de fișiere, pentru acces rapid. The
Reprezentarea obj_storable poate să nu fie portabilă

text_html
Un format de ieșire OBO conform html

godb_prestore
XML care se mapează direct la schema relațională GODB (poate fi apoi încărcat folosind
stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML care se mapează direct la schema relațională Chado (poate fi apoi încărcat folosind
stag-storenode.pl)

DOCUMENTAȚIE
<http://www.godatabase.org/dev>

Utilizați go2fmtp online folosind serviciile onworks.net